畜禽養殖業帶來的污染物主要有畜禽養殖場有機廢水、糞便、惡臭、致病微生物、飼料添加劑中的抗生素，以及將來可能出現的轉基因生物污染。養殖業的糞尿排泄物及廢水中含有大量度的有機物、氮、磷、懸浮物及致病菌，并產生惡臭，污染物量大而集中。這些排泄物如果不按國家規定標準處理，勢必對周圍的水源、土壤和空氣造成嚴重污染，從而成為社會一大危害，同時也使寶貴的肥料資源、能源白白浪費。

工藝流程
養殖污水屬于高濃度有機廢水，若按常規的方法處理，則投資大、工藝復雜、管理困難、運行費用高，且處理效果并不理想。根據養鴨場廢水的水質特性，結合設計規模，出水要求，當地的實際條件，為達到對水的循環再利用和節能減排的效果，出現了固液分離—厭氧生物技術和生態循環利用模式。
鴨場采用清潔生產工藝，每天排放的鴨糞人工清除至干鴨糞池，堆漚發酵后作為農田有機肥。每天處理排放的沖洗污水由污水溝匯集于集水池中，經過機械格柵初步固液分離，分離出的糞渣并入收集的干糞中，作有機肥料;經分離后的污水進入調節池進行調節水質水量，使后續的沼氣發酵單元穩定運作。沼氣池的沼液儲存用于生態魚塘的魚飼料，同時生態魚塘的水部分可以用于沖洗鴨舍。養鴨場所清的干鴨糞及固液分離出來的污泥發酵用于有機肥的生產。基本達到了循環使用，生態養殖的目的。