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關于進一步明確畜禽糞污還田利用要求強化養殖污染監管的通知中，鼓勵畜禽糞污還田利用，明確還田利用標準規范，要求養殖場戶應當切實履行糞污利用和污染防治主體責任，相關部門強化糞污還田利用過程監管。
《農業農村部辦公廳、生態環境部辦公廳關于促進畜禽糞污還田利用依法加強養殖污染治理的指導意見》明確，到2025年，畜禽糞污綜合利用率達到80%；到2035年，畜禽糞污綜合利用率達到90%。
目前，養殖污染仍然是受到重點關注的農業面源污染類型之一，其在我國畜禽養殖規模化快速發展的當下顯得尤為突出。不過，經過數十年的努力，我國畜禽養殖污染治理也取得了不錯的成績。
總的來說，我國畜禽養殖糞污治理還面臨根本觀念的轉變，例如將種養結合這種現代化，符合綠色節能要求的養殖模式推廣出去，還需要更科學的解決方案和強有力的制度、標準支撐。
同時，我國畜禽養殖糞污治理也要著重因地制宜改善技術路線。就這點來看，目前，養殖污染防治技術的發展在整體和系統工藝方面的研究和突破還較少。但受到地域、溫濕度、經緯度、養殖模式、配套基建等因素影響的畜禽養殖在治污方面更需要成套技術解決方案。
另外，畜禽養殖糞污處理迫在眉睫的一點還在于養殖污水治理。抓住這個主要矛盾，也是必要的。原因就在于，養殖污水對地下水、河流、湖泊、土壤等的影響更明顯，周期也更短一些。
而如果關涉到水產養殖污水的處理，則可能不止會影響到江河湖，甚至將與海洋藍色經濟產業發展的高質量轉型和可持續掛鉤。
為此，水專項不僅開辟了畜禽養殖專題，還涉足了成套技術集成、管理機制等方面的系統研究。
截至目前，相關的水專項研究已經公開了30多項禽養殖污染治理的適用技術，包括移動式生態養殖、山地果園種養結合養殖、糞污資源化利用、沼液能源化利用、滯留塘生態凈化系統構建等一系列成果。
同時，“十一五”至今,通過水專項的研究,共發布12項與養殖污染控制相關的技術規范或指南。包括《畜禽養殖業污染治理工程技術規范》、《江蘇省污水生物凈化處理技術規程》等。
目前，水專項研究攻克了微生物發酵床生態養殖、飼料微生物添加等多項技術難題，以養殖污染生態控制為主的種養加一體化控制方案已推廣到20多個省市。
未來，畜禽養殖污染治理仍會專注于養殖污染管控、糞污資源化利用、種養結合的適用模式等領域，積極推動綠色農牧業現代化體系的構建。
