2017年開年*期《Nature Methods》雜志評出了2016年度技術。其中就有將革命性的CRISPR基因編輯技術用來靶向RNA。

使CRISPR細菌免疫系統適應于真核生物基因組，可讓我們以的能力來修改DNA，例如敲除、交換或標記基因、引入特定的點突變、增強或抑制選擇基因的活性和開展全基因組功能篩選。在CRISPR系統中，一個短的引導性RNA（gRNA）分子可把一種核酸酶引向與gRNA互補的靶序列，并位于附近的一個前區間序列鄰近基序（PAM）。

雖然CRISPR主要應用于DNA，但的研究進展已將它的范圍擴展至RNA編輯。RNA干擾已經成為敲除基因表達的一種主要方法，但是為了靶定特定的轉錄本用以成像或亞細胞定位，需要很麻煩地為每個靶RNA設計RNA適配子或蛋白質，如Pumilio。

為了以一種很容易編程和擴展的方式靶定RNA，有兩個不同的研究小組采取了不同的路線。加州大學圣地亞哥分校的Gene Yeo與加州大學伯克利分銷的Jennifer Doudna合作，擴展了Doudna實驗室以前的研究結果，表明如果PAM是由一個與靶RNA結合的單獨的DNA寡核苷酸提供，Cas9就可以靶向RNA。研究人員zui近證實，該方法可以靶定特定的RNA；一種非催化活性的Cas9與GFP之間融合，可讓他們跟蹤RNA在哺乳動物活體細胞內的亞細胞定位。麻省理工學院-哈佛大學Broad研究所的張鋒（Feng Zhang）和Eugene Koonin的團隊采取了一種不同的方法。他們不是用Cas9，而是使用C2c2核酸酶，其具有一個RNase域，但沒有已知的DNAase結構域。他們通過一個28核苷酸的gRNA靶定C2c2，并在細菌轉錄本中觀察到了單鏈RNA裂解。簡單的堿基替換可將C2c2轉換為一種非催化活性的RNA結合蛋白，它們可以與不同的效應蛋白耦合。

這兩種方法可能影響許多的RNA轉錄后處理步驟。C2c2是一個特別好的候選者，因為zui近對其催化活性的的研究表明，它有兩種獨立的RNase活性，一種是處理自身的RNA指導，另一種是切割靶RNA，這將允許多路復用應用。

用適當的效應物與核酸酶融合，我們可以設想無數的用途，如調節剪接，引導RNAs到特定的亞細胞定位，附加或去除化學修飾，并影響降解，等等。RNA靶向CRISPR將讓研究人員能夠接近迄今只觸及表面的調控層面。