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研究lncRNA功能的新方法

閱讀：816發布時間：2014-9-11

長非編碼RNA（lncRNA）是長達兩百個核苷酸以上的轉錄本。雖然lncRNA沒有編碼任何蛋白質，但它們在不同組織和發育階段的表達依然具有特異性，這說明lncRNA具有重要的生物學意義。細胞中絕大多數lncRNA位于細胞核，它們對應的DNA區域有的與蛋白編碼基因重疊，有的位于基因間或者內含子中。

只有在結構域的水平上進行研究，才能夠深入理解lncRNA的功能。問題是人們一直沒有找到合適的方法。

研究人員首先設計了*化的反義寡核苷酸池，來靶標lncRNA的特定結構域。隨后，他們通過交聯保護了細胞中的lncRNA互作，并利用超聲處理可lncRNA片段化，形成結構域大小的片段。（延伸閱讀：從互作揭開lncRNA的秘密）

研究人員將*化的寡核苷酸添加到不同的染色質樣本中，使它們發生雜交。zui后通過鏈霉親和素磁珠，將lncRNA結構域連同它的互作搭檔一起純化出來。對這些純化產物進行分析（WB、逆轉錄定量PCR、定量PCR或者測序），就可以鑒定RNA-蛋白、RNA-RNA和RNA-染色質的互作。

研究團隊使用dChIRP技術研究了一種稱為roX1的lncRNA，這是雄性果蠅劑量補償效應所需的lncRNA。雄性果蠅只有一個X染色體，其上的基因會出現加倍表達，這種現象就稱為劑量補償效應。這項研究揭示了roX1功能域的組成結構，向人們展示了由三個不同結構域組成的三指手掌結構。其中的三個指狀結構域負責與染色質互作，是功能獨立的RNA亞單位。

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