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公司動(dòng)態(tài)

有效提高非模式生物蛋白質(zhì)組鑒定的新策略

閱讀：208發(fā)布時(shí)間：2014-10-21

隨著高通量測序技術(shù)的不斷崛起，全基因組測序也逐步普及。越來越多的物種基因組予以公布。

目前，主要有兩種獲得研究物種參考基因組的策略：de novo 基因組拼接和基于mapping算法的基因組序列修正，mapping是指將所有測序讀段通過序列比對定位到參考基因組上。De novo 基因組拼接是利用短讀序列（reads）組裝出一個(gè)基因組草圖，

相比之下，基于mapping的基因組修正策略是將短讀序列（reads）匹配到近緣物種已知的全基因組上，然后找到單核苷酸變異，并用這些修正信息補(bǔ)充更新現(xiàn)有的參考序列。

很不幸的是，單一物種不同菌株間的遺傳多樣性常常超出上述算法的zui大限度。例如輕癥鏈球菌（Streptococcus mitis）不同菌株間的差異要高于5%；*（Staphylococcus aureus）不同菌株基因組序列間的變異率甚至能夠達(dá)到20%。顯然，傳統(tǒng)的基于mapping的基因組修正方法是無法解決如此高得差異度的，但是基因組的多樣性往往導(dǎo)致了菌株致病性和耐藥性的重大變化。而基因組的高度變異又會導(dǎo)致這些缺乏準(zhǔn)確的參考蛋白組，這種情況嚴(yán)重阻礙了這些菌株蛋白質(zhì)組的分析與發(fā)展，影響了致病菌和耐藥菌的功能研究。

新策略可以矯正研究物種基因組與已知近緣物種基因組的差異大約在5%左右的情況并正確輸出研究物種的參考蛋白質(zhì)組。在二級質(zhì)譜鑒定中，利用修正后的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫能夠顯著的提高蛋白和肽段的鑒定效率。

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