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如何提高CRISPR基因組編輯的特異性

閱讀:427發布時間:2016-11-11

 

CRISPR是規律成簇的間隔短回文重復(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)的縮寫。CRISPR與內切酶Cas9是一對好朋友,細菌依靠它們組成的防御系統對抗外來侵略者。CRISPR-Cas9能夠在引導RNA的指引下,靶標并切割入侵者的遺傳物質。2012年研究者們利用這一特點,將CRISPR系統發展成了強大的基因組編輯工具。該系統使用簡單而且擴展性強,很快便成為了生物學領域zui耀眼的明星。

在過去的四年中,CRISPR-Cas9經歷了不斷的更新換代。這一技術讓基因功能研究達到了的性和靈敏度。CRISPR-Cas9在醫療領域也展現了*的潛力,有望通過直接校正致病突變治療遺傳疾病。不過,我們都知道Cas9會在脫靶位點結合和切割DNA。CRISPR脫靶效應常被人們掛在嘴邊,這也是該技術zui大的隱患之一。Cas9酶有時會在靶點以外的地方進行切割,而這種切割有可能引起癌癥。好在,研究者們在提升CRISPR特異性的時候動作很快。

    今年一月,研究人員發表文章,為人們展示了升級版的多重化Digenome-seq。他們用這一技術同時分析了11個CRISPR-Cas9核酸酶在整個基因組中的特異性,大大節省了CRISPR脫靶分析所需的時間和經費。研究證實,多重化Digenome-seq可以捕捉到很多被其他方法漏掉的良性脫靶位點。研究人員還在此基礎上給出了減少CRISPR-Cas9脫靶效應的指南。研究人員對CRISPR-Cas9技術做出了重大改進。在用一段短DNA片段替代另一段DNA時,他們的方法獲得了高達60%的成功率,這么高的成功率是的。他們通過改造Cas9酶大大減少了它與DNA的非特異性互作,將脫靶效率降低至無法檢測到的水平。

CRISPR-Cpf1能夠在crRNA的引導下在人類細胞中剪切目標DNA,被稱為是新一代的CRISPR基因組編輯系統。不過,人們對這個系統的作用機制還知之甚少。麻省總醫院、哈佛醫學院的研究人員解析了Cpf1核酸酶在人類細胞中的全基因組特異性

研究人員開發了一種預測模型。這種模型可以為人們揭示哪些單導向RNA (sgRNA)序列能夠與CRISPR-Cas9形成組合,更有效地探查基因組秘密

    研究團隊揭示了CRISPR-Cas9剪切DNA時的關鍵分子結構。在CRISPR-Cas系統中,Cas蛋白與小CRISPR RNA(crRNA)形成復合體,切割與RNA互補的外源DNA。R-loop是I型和 II型CRISPR-Cas的一個典型特征,基因組編輯常用的sgRNA就會和Cas9形成R-loop。為了闡明R-loop的作用,研究人員通過冷凍電鏡獲得了釀膿鏈球菌Cas9 R-loop的高分辨率結構。


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