DNA 分子在瓊脂糖凝膠中泳動時有電荷效應和分子篩效應。 DNA 分子在高于等電點的 pH 溶液中帶負電荷，在電場中向正極移動。由于糖 - 磷酸骨架在結構上的重復性質，相同數量的雙鏈 DNA 幾乎具有等量的凈電荷，因此它們能以同樣的速度向正極移動。

制備瓊脂糖凝膠HP Fungal DNA Mini Kit (5)

1 ．稱 1. 2g 瓊脂糖，加 100ml 電泳緩沖液（ 1×TAE ）加熱熔化，取出搖勻，即為 1. 2% 的凝膠。

2. 當膠液冷至 60℃ 時，加 EB10μl ，小心混勻，緩慢倒入制膠模具中，在膠一端插上梳子。

3 ．待膠凝固后，撥出梳子，將模具置于電泳槽中，加入 1×TAE ，讓液面高于膠面 2 -3mm 。

4 ．取 4ul 質粒，加 2ul lodaing buffer ， 6ulddH 2 O ，混勻，用加樣器吸取樣品。加入點樣孔中，注意加樣器吸頭應恰好置于凝膠點樣孔中，不可刺穿凝膠，也要防止將樣品溢出孔外。

5 ．接通電源， 1-5V/cm 電壓，開始電泳。HP Fungal DNA Mini Kit (5)

6 ．當溴酚蘭染料移動到距離膠前沿 1 -50px 處，停止電泳。

7. 切斷電源后，取出凝膠，在紫外燈（ 360nm 、 312nm 或 254nm ）下或經凝膠成像系統觀察或拍照。

堿裂解法提取質粒是根據共價閉合環狀質粒 DNA 與線性染色體 DNA 在拓撲學上的差異來分離它們。在 pH 值介于 12. 0-12. 5 這個狹窄的范圍內，線性的 DNA 雙螺旋結構解開而被變性，盡管在這樣的條件下，共價閉環質粒 DNA 的氫鍵會被斷裂，但兩條互補鏈彼此相互盤繞，仍會緊密地結合在一起。當加入 Ph4. 8 的乙酸鉀高鹽緩沖液恢復 pH 至中性時，共價閉合環狀的質粒 DNA 的兩條互補鏈仍保持在一起，因此復性迅速而準確，而線性的染色體 DNA 的兩條互補鏈彼此已*分開，復性就不會那么迅速而準確，它們纏繞成網狀結構，通過離心，染色體 DNA 與不穩定的大分子 RNA 、蛋白質 -SDS 復合物等一起沉淀下來而被除去。

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