兩項包括了80多名嬰兒的新的研究共同給出了一幅更清晰的畫面，即抗生素如何能與出生模式和飲食一起破壞腸道微生物組的發育。在出生頭幾年中反復使用抗生素的孩子不但顯示出其微生物多元性降低，而且還會在治療后，在其微生物中暫時性地含有抗生素的耐藥基因。需要做進一步的研究來探索腸道微生物組在受到這些干擾后會有什么后果，先前的研究將腸道微生物組與以后的肥胖癥、糖尿病、哮喘和過敏掛鉤。住在我們腸道內的微生物群落在調控機體代謝和免疫防御中起著關鍵作用。然而，腸道微生物組在幼兒期如何發育還不*清楚。更少了解的是，嬰兒微生物組如何因應環境受到干擾及如何恢復，這些干擾因素包括抗生素治療、剖腹產而不是陰分娩及喂配方奶而非母乳。在世界大部分地區，給兒童用抗生素治療已成常規，美國孩子在2歲時平均有過3個療程的抗生素治療。為了更多了解可能的后果，Nicholas Bokulich和同事對43名美國嬰兒在出生后的微生物群發育進行了2年的追蹤，收集了他們的糞便樣本及他們母親在出生前后的糞便樣本。他們發現，抗生素、剖腹產和喂配方奶都會延遲嬰兒的微生物組發育并減少其細菌的多元性。嬰兒母親自己的微生物群可能也會影響嬰兒微生物群的健康發育；母親的微生物群已知會在嬰兒經過產道時、在母乳喂養時及通過皮膚接觸而植入到嬰兒的腸道內。
在第二項研究中，Moran Yassour和同事在3年時間內采集了39個兒童的糞便樣本，他們的分析還發現，反復的抗生素治療降低了腸道微生物的多元性，甚或導致抗藥基因的短暫增加。在出生的頭幾個月中，所有剖腹產嬰兒及始料未及的約20%的陰分娩的嬰兒都缺乏擬桿菌，這是一種已知對調控腸道免疫有幫助的細菌；這表明出生模式和其它因子能強力影響腸道細菌的多元性。在品種和菌株層面，用過抗菌素孩子的微生物群多元性和穩定性都有所下降。此外，研究人員發現，在抗生素治療后，抗菌素耐藥基因的豐度會快速達到，接著會發生劇降。有趣的是，因為不*了解的原因，某些年齡幼小到只有2個月大的嬰兒也會有抗生素耐藥基因，即使他們沒有接觸過任何抗生素。尤其是鑒于給嬰幼兒常規使用抗生素導致其耐藥基因擴散所帶來的威脅，作者Yassour和Ramnik Xavier在相關的音頻檔案中重點講述了這些結果對公共衛生的意義。
 
原文檢索：Natural history of the infant gut microbiome and impact of antibiotic treatment on bacterial strain diversity and stability
Antibiotics, birth mode, and diet shape microbiome maturation during early life