1、纖維組織
心臟/骨骼肌等纖維組織提取RNA的關鍵在于*破碎組織。這些組織細胞密度低，單位重量的組織RNA的含量就少，建議用盡可能多的起始量。使用TRNzol法可以提取纖維組織終RNA，由于纖維組織終RNA含量較少，可按照增加的起始量成比例增加TRNzol的用量，并在液氮中將組織*磨碎，同時適當減少溶解RNA的溶液體積。

2、核酸/RNase含量高的組織
脾、胸腺、胰臟等組織的核酸和核酸酶含量很高，可以在液氮中碾磨組織，再快速勻漿。如果裂解液太粘稠（因為核酸含量高的緣故），酚/lv仿抽提不能有效分層，可以加入更多裂解液以解決此類問題。如果加入乙醇后馬上有白色沉淀形成則表明有DNA污染，可以在核酸溶解后用酸性酚/lv仿再次抽提，去除DNA污染。

3、蛋白/脂肪含量高的組織
動物的腦和某些特殊的植物組織中，脂肪或者蛋白的含量很高，可以采用TRNzol來提取此類樣品中的RNA。在該提取過程中，用lv仿抽提后，如上清仍含白色絮狀物，必須用lv仿再次對上清進行抽提。使用TRNzol提取脂肪含量高的組織中RNA時，使用lv仿抽提后會分成油滴、水相（含RNA）、DNA中間層、有機相四層，應用移液管小心吸取水相液體，避免吸到油滴層和DNA層。

4、植物組織和真菌組織
植物組織和真菌組織比動物組織更為復雜，因此為了避免出現內源酶作用使 RNA降解的現象，一般選擇在液氮條件下對植物或者真菌材料進行碾磨。如果降解問題不能解決，基本上是由于樣品中的內含雜質導致。許多植物和真菌中的內含雜質如多糖、多酚等都會殘留，因為這些雜質分子與RNA有一些相似性，可以與RNA同時沉淀或者吸附，因此在植物和真菌組織的RNA提取過程中，需要用一些特別的步驟或者特別的試劑（RNAplant）來去除多糖多酚等雜質的干擾和污染。