細胞中的蛋白質通過合成和降解等活動控制處于恒定狀態(tài)。為了使細胞更，減少不必要的蛋白質負荷，細胞中的大多數(shù)蛋白質都有一個明確定義的半衰期。細胞進化到降解蛋白質的另一個原因是，確保及時清除已經(jīng)完成工作的蛋白質(如細胞周期蛋白)，避免由于某些蛋白質的構成作用而可能發(fā)生的不良影響(如放松管制在細胞周期蛋白的蛋白酶體降解會加速不受控制的癌細胞的擴散)。今天上海紀寧生物將介紹一些常用的測量蛋白質穩(wěn)定性的方法。

一、脈沖追蹤：

這是一種追蹤蛋白質并估計其穩(wěn)定性的傳統(tǒng)方法，除了涉及到處理放射性，這種方法在測量蛋白質半衰期時比其他藥理方法具有明顯的優(yōu)勢，在實驗室中仍然經(jīng)常使用。它不僅能測量蛋白質半衰期，而且如果你擅長放射自顯影和亞細胞分離，還可以追蹤蛋白質并確定其亞細胞定位。

二、環(huán)己酰亞胺追蹤：

這是一種更簡單的方法來替代脈沖追蹤和避免放射性的使用。通常，這種方法通過添加環(huán)己酰亞胺來抑制蛋白質的合成，然后評估目的蛋白隨時間的降解情況。環(huán)己酰亞胺是一種新的蛋白質合成抑制劑，通過與60S核糖體單位的E -位點結合，抑制翻譯的延伸。而這反過來又會抑制蛋白質的合成，使研究人員不必擔心正在進行的蛋白質合成的影響，就能跟蹤蛋白質的降解情況。加入環(huán)己酰亞胺將蛋白質合成排除在外，使研究人員能夠專門研究蛋白質降解隨時間的變化。

三、降解途徑的藥理學抑制劑：

細胞內(nèi)有兩種主要降解途徑：蛋白酶體途徑和溶酶體途徑。有一些特定的藥理學抑制劑可用于評估這兩種途徑的降解。蛋白酶體途徑通過一系列酶將蛋白質用泛素標記，這種泛素標記的蛋白質zui終定向到細胞蛋白酶體復合物，并在此被降解。但在某些情況下，蛋白酶體降解可能獨立于泛素化而發(fā)生，在對可能的降解途徑的假設進行測試時，這一點不能忽視。更復雜的是，泛素化可能也會在溶酶體降解途徑中發(fā)揮作用。溶酶體降解也被分為許多不同的類型，基于實際的降解細胞機制的細微差別(大自噬、微自噬和分子伴侶介導的自噬)。

四、降解相關的翻譯后修飾：

確定了目的蛋白的降解路徑，就可以分析哪些標簽(翻譯后修飾，PTM)是這個過程必須的。有許多類型的PTMs可以標記蛋白質降解，也有特定的降解基序(降解決定子)，靶向蛋白質降解途徑。一些常見的降解決定子如D-boxes，PEST, and KEN boxes，可以幫助蛋白質標記，并通過各種機制促進蛋白質的降解。一些降解決定子能使蛋白更易接近E3連接酶，E3連接酶可以將其帶到蛋白酶體復合物中。

五、分析蛋白質的泛素化動力學：

蛋白酶體降解往往先于泛素化。檢測泛素化可以提供一個強有力的數(shù)據(jù)，證實目的蛋白很有可能成為蛋白酶體的靶點。比如拉下目的蛋白，然后使用抗泛素蛋白抗體來評估其泛素化狀態(tài)。當IP樣本被抗泛素抗體檢測時，你通常希望看到的是一個涂片或梯形條帶效應。這是因為不同的更高修飾形式的蛋白質被識別，因為它們逐步被多個泛素分子標記。在蛋白酶體阻滯后，檢測到的泛素涂片的強度可能會變深——表明多泛素化蛋白的積聚。泛素化蛋白是出了名的不穩(wěn)定，并且收集細胞的具體實驗條件和時間必須經(jīng)過仔細的優(yōu)化，以防止在樣本準備過程中泛素化的丟失。因為在許多情況下，基于抗體的方法可能由于非特定的下拉。一種更好更清潔的方法是將目的蛋白標記his標簽，并利用鎳柱親和拉下，評估蛋白質的泛素化。另一個好的控制方法是使用HA標記的泛素質粒，并在下拉之前將其與目的蛋白共轉染。去除這些質粒中的一種或兩種，應該減少或甚至消除泛素化。