人類基因組只有不到2%編碼蛋白質，因此解析非編碼DNA的功能是一個很大的挑戰。科學家們已經通過分析DNA甲基化、染色質修飾、核酸酶敏感性、轉錄因子結合，在人類基因組中預測了數百萬個調控序列，但只有少數序列在天然條件下得到證實。

研究團隊為此開發了基于CRISPR/Cas9的高通量篩選策略，并由此發現了一類新型增強子。

研究人員用自己開發的CRISPR/Cas9方法，在人胚胎干細胞（hESC）中研究了1Mbp POU5F1位點的174個候選調控序列。他們鑒定了POU5F1轉錄所必需的兩個經典調控元件，一個啟動子和一個近端增強子。

此外，研究人員還還意外發現了一類新型增強子。研究顯示，這種增強子以一種*的方式促進POU5F1轉錄。干擾增強子序列會導致暫時的POU5F1轉錄損失，但POU5F1轉錄能在幾輪細胞分裂之后*恢復。這項研究為人們展示了CRISPR高通量篩選在非編碼DNA功能研究中的實用性，還揭示了人類細胞中的基因調控新層面。

2014年的一篇文章展示了甲基化和去甲基化對增強子活性的調節。他和同事在小鼠胚胎干細胞中繪制了5mC和5hmC的單堿基高分辨率圖譜。5mC是哺乳動物基因組中zui常見的一種表觀遺傳學修飾，由DNA甲基轉移酶催化，廣泛參與了細胞對基因表達的調控。5hmC作為5mC的一個衍生品，是DNA去甲基化的一個中間產物。這項研究表明，甲基化和去甲基化決定了細胞分化過程中的轉錄組重編程。

2015年2月，兩個研究小組在雜志上發表了兩篇研究論文，詳細地分析了整個人類基因組的表達變異和調控，及其與染色體結構的對應關系。研究人員描述了多種組織中染色質結構、調控與基因表達的相互影響，對于深入了解正常生理和疾病機制有*的價值。

2015年6月，雜志上發表了一種新測序技術，MPE-seq。染色質結構對于DNA轉錄、復制和修復非常關鍵，決定著基因的表達和細胞的生理狀態。MPE-seq可以對染色質結構進行有效的全基因組分析。這種直觀的分析法將成為MNase-seq的重要補充，揭示在基因表達調控中具有重要意義的染色質結構。