有數以百計的蛋白質可以與RNA結合，但是弄清有哪些蛋白在哪里結合RNA，以及它們相互作用之后發生了什么，一直都是一個挑戰。

除了轉錄調控之外，還有更多的基因調控。隨著研究人員越來越意識到RNA所扮演的不同角色，尋找這些核酸和RNA結合蛋白(RBPs)之間的相互作用，就顯示出更大的重要性。數以百計的RBPs是已知的——其中很多涉及各種疾病，如神經退行性變、自身免疫缺陷和癌癥，但是大部分仍有待于發現。發現RBPs結合的序列，可以闡明它們調控RNA轉運、處理以及翻譯的機制。

發現RBPs結合位置的*的方法，依賴于核糖核蛋白復合物的交聯和免疫沉淀反應(CLIP)，然后進行測序。這些程序在技術上具有挑戰性，需要放射性，實驗的失敗率很高，并會產生高百分比的重復讀取。當執行大規模CLIP實驗作為ENCODE聯盟的一部分時，我們認為，當前方法沒有足夠的能力分析數以百計的因素。研究人員創建了加強型的CLIP (eCLIP)，來解決這些問題。

適配子（可允許隨后的匯集），與附著于免疫沉淀反應珠子上的RNA片段連接起來。然后，他們通過電泳和消化掉蛋白質，分離了復合物。在反轉錄RNA后，他們在PCR擴增之前，將另一個包含內聯隨機5-或10-mer的3 '適配子，連接到現在的單鏈DNA上。

逆轉錄往往會在交聯部位終止，這可讓研究人員獲得核苷酸分辨率。在相同的順序讀取的情況中，隨機單鏈DNA適配子序列，將能夠區分來自PCR副本的*片段，讓后者被丟棄，從而使映射讀取的數量更為定量，并減少了浪費的測序。此外，eCLIP為非特異性背景和固有偏誤，添加了一個大小匹配的免疫沉淀反應前對照。

這些修改意味著，為了獲得更高比例的可用讀數并產生具有足夠復雜性的文庫，eCLIP需要的擴增比其他方法少大約1000倍，以識別更混雜的RBPs所使用的序列。現在，我們可以使用這些序列，來弄清RBPs如何完成它們的作用。