在ELISA試劑盒使用過程中，會發生形形色色的問題：
1．邊緣效應 
    使用96孔板的ELISA測定中，ELISA試劑盒常發現有“邊緣效應"，即外周孔顯色較中心孔深。經研究證實在溫育中的熱力學梯度可能是根本原因之所。聚苯乙烯本身為不良熱導體，在實驗室的常規ELISA測定中，將板從室溫（通常在25℃左右）置于37℃溫箱，板也升溫時，在外周孔與中心孔之間可能存在一熱力學梯度。因此使用水浴或在將反應溶液加入至板孔中時，將板和溶液均加熱至溫育溫度（如37℃），就可以很容易地排除“邊緣效應"，并且可提高測定的重復性。
2．加樣
    在現在的ELISA商品試劑盒中，必然有使用微量加樣器加入樣本的步驟。注意的關鍵點是：加樣不可太快，要避免加在孔壁上部，不可濺出和產生氣泡。加樣太快，無法保證微量加樣的準確性和均一性。加在孔壁上部的非包被區，易導致非特異吸附。濺出會對鄰近孔產生污染。出現氣泡則反應液界面有差異。所以，有時候一份標本用相同的ELISA試劑盒這次測定為陽性，下次測定為陰性，往往就是上述加樣及試劑的錯誤所致。
   如上可知，ELISA試劑盒在使用過程中，我們應該嚴謹對待。