樣品制備基本要求：激光掃描共聚焦顯微鏡與熒光顯微鏡樣品制備基本相同，不同的是組織 可切為厚切片，實現三維重建圖像。由于激光掃描共聚焦顯微鏡通常為倒置式，載玻片上附著的蓋玻片面積要大，上機觀察時蓋玻片應朝下放置在載物臺上。細胞
 
    常見器皿：激光掃描共聚焦顯微鏡的載物臺設計靈活，可以放置載玻片、35mm和50mm平皿、培養皿、活細胞觀察及灌流系統等多種常見器皿。要根據實驗目的、樣品種類及形態、物鏡的工作距離及所用激光掃描共聚焦顯微鏡的載物臺設置等條件確定樣品觀察所用的承載方式。常見的器皿有蓋玻片、載玻片及Petri皿(Petri dish)等。應注意器皿底盤的厚度不能太厚。因為激發光要透過器皿的底部才能照射到樣品上。同時．所用器皿要干凈，無劃痕。
 
    Petri皿，又稱glass bottomdish或coverslip bottomdish，其結構特點是在塑料平皿的圓形底部*打出一個直徑l~mm左右的圓孔并從平皿底部的外面粘上一片厚度約為0．17mm透光性*的蓋玻片以密封圓孔，配有平皿蓋。使用時，將相配套的Petri皿支架放到顯微鏡的載物臺上。再將載有樣品的Petri皿放人到該Petri皿支架，即可用顯微鏡觀察樣品或者用共聚焦顯微鏡掃描樣品。細胞