zui近，來(lái)自美國(guó)西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院的科學(xué)家，開發(fā)和公布了兩種新的數(shù)據(jù)分析軟件，可以幫助研究人員以更高的效率和度，識(shí)別疾病的遺傳觸發(fā)因子。這些新的分析工具分別發(fā)表在11月30日的《PLoS Computational Biology》和11月25日的《Scientific Reports》。延伸閱讀：復(fù)雜、大型的基因組分析將更簡(jiǎn)單。
MEGENA（Multiscale Embedded Gene Co-expression Network Analysis）將基因表達(dá)數(shù)據(jù)投射到一個(gè)三維球面上，從而讓科學(xué)家在復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)（具有某些疾病特性，如癌癥、肥胖病和老年癡呆癥）中研究層次組織模式。研究人員在來(lái)自Cancer Genome Atlas（TCGA）的數(shù)據(jù)上進(jìn)行了檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)MEGENA可確定乳腺癌和肺癌中的新調(diào)控靶標(biāo)，超越了其他共表達(dá)分析的方法。
第二種工具——SuperExactTest，建立了*個(gè)理論框架，用于評(píng)估多套交集，并使用戶能夠比較非常大的數(shù)據(jù)集，如從全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）和差異表達(dá)分析產(chǎn)生的基因集合。科學(xué)家們?cè)诂F(xiàn)有的TCGA和GWAS數(shù)據(jù)上運(yùn)行了SuperExactTest，從而確定了一套核心的癌癥基因，并檢測(cè)了復(fù)雜疾病之間的相關(guān)模式。
了解SMRT Analysis 2.2軟件的新功能
這兩種工具都來(lái)自于西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)和基因組科學(xué)系副教授張斌（Bin Zhang）帶領(lǐng)的多尺度網(wǎng)絡(luò)建模實(shí)驗(yàn)室。這兩篇論文的*作者張斌博士說(shuō)：“這些工具滿足了基因組學(xué)中重要但未得到滿足的需求。MEGENA將幫助科學(xué)家們具體化復(fù)雜疾病中的新途徑和關(guān)鍵靶標(biāo)，而SuperExactTest則通過(guò)比較大量的基因簽名，為基因組提供更為清晰的見(jiàn)解。”
西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院基因組學(xué)教授、伊坎基因組學(xué)和多尺度生物學(xué)研究所主任Eric Schadt博士說(shuō)：“我們的研究團(tuán)隊(duì)，致力于打造高性能的分析工具，并與更廣泛的基因組研究機(jī)構(gòu)共享這些資源，以幫助我們產(chǎn)生盡可能的結(jié)果。這些新的工具，為世界各地科學(xué)家所面對(duì)的計(jì)算挑戰(zhàn)，展示了周到而富創(chuàng)造性的解決方案，我期待看到，科學(xué)家用它們完成更多研究。”
在張斌博士的和CRAN（Comprehensive R Archive Network），一個(gè)開源軟件庫(kù)，MEGENA和SuperExactTest是作為R程序包可用的。
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