通常說來，底物的濃度要遠遠小于它們各自酶切反應的Km值和酶的濃度，并且篩選應該在基于koat/KIn值的基礎上進行。然而，在同一次噬菌體展示中，合成肽段的是cat值、Km值及kcat/Km．值有很大范圍的不同。對多價底物噬菌體展示的反應動力學研究表明，底物切割是一個單指數事件（singleexponential event），底物結合是其中的限速步驟。
由于底物噬菌體展示篩選技術的實驗本質，在利用文庫篩選真正底物之前進行一系列的預實驗是非常有必要和關鍵的。這樣的陽性對照實驗能夠證明特異性的底物裂解能夠在相應的文庫連接序列前后和選定的實驗條件下發生。在接下來的實驗中就可以選擇zui合適的酶的反應濃度以及篩選過程中zui合適的反應時間。需要注意的是，這些預實驗必須包括兩種底物噬菌體，一個帶有已知的能夠被切割的底物序列，一個帶有已知的非底物序列。使用相同數量的底物和非底物噬菌體分別與親和性結構域結合，之后加入要研究的蛋白酶進行酶切。通過測定從每個樣本中釋放的噬菌體的滴度，就可以推測出每輪篩選中噬菌體可以富集到的程度。另一種優化富集程序的方法是通過制備一系列不同的底物噬菌體門≥底物噬菌體的混合物[例如從1：103～106）]，從而模擬篩選過程。通過測定在每一輪篩選后得到的底物與非底物噬菌體的比值，我們可以預測到在某一固定底物濃度下的富集能力。
● 約lO12個菌落形成單位（cfu）的底物噬菌體陽性及陰性對照
● 濃度大于1012cfu/ml，約1012 cfu的文庫底物噬菌粒
● 約1012個噬菌斑形成單位（pfu）的輔助噬菌體，例如M13K07（New EnglandBiolabs），或者VCSMl3（Strata gene）
● 約long捕獲試劑（例如hGH結合蛋白、抗多肽抗體）
● 高親和力96孔板，如Nunc Maxisorp板（Nalge Nunc）
● 新鮮的（小于1周）F’大腸桿菌，如XL-Blue的劃線培養平板（Stratagene）
● 捕獲試劑的固定緩沖液（例如50mmol/L碳酸鹽緩沖液，pH 9．6）
● 含0．05％Tween—20的磷酸鹽緩沖液（PBST）
● 適合要研究的蛋白酶的稀釋及反應緩沖液
● 含2％脫脂牛奶的PBS
● 0．2mol/L*緩沖液，pH 2．0
● 1mol/LTris堿
● LB+100ug/ml氨芐*或LB+羧芐*的瓊脂平板或液體培養基
● 2XYT培養基
● 低蛋白或無蛋白結合的微孔板（例如NalgeNunc 96F型聚丙烯酰胺板）
