化學合成方法與生物化學方法之間有著顯著的差別，材料和方法上非常小的改變常常會在所獲得的產物以及保證可靠的合成路線之間造成差別。下面介紹幾個zui可能引起故障的經驗問題。
1．溶劑
大多數用在化學合成中的商品試劑都不夠純。因此使用前應該進行純化（常用方法：蒸餾）。對于“專為合成DNA純度”的溶劑也要檢查其顏色（幾乎所有的液體都是無色的）及透明度（顆粒將阻塞多孔玻璃，分子篩塵埃將造成合成失敗）。大多數有關的雜質是水、酸、堿和金屬離子。
水：對吸收水的化學試劑蒸餾一次，大多數溶劑的水分將會減少到10btg／g或更少。因為在偶聯步驟中允許少量水的存在，故這種水分含量的溶劑可用于合成。許多溶劑都是吸潮的，因此所有溶劑的容器都應該塞緊，只能短時打開，通常沒有必要在氬氣中儲存。
酸和堿：氯化的碳氫化合物常含有微量鹽酸，在合成期間會使二甲氧基三苯甲基損失。通過下列方法可以進行檢測：在5ml溶劑中溶解lmg的5，—O—二甲氧基三苯甲基脫氧核糖核苷酸衍生物，測定495nm處的吸收值，應該沒有吸收。極性溶劑中的一級和二級氨能切斷寡核苷酸與載體之間的鍵，可以用茚三酮試驗檢測。
金屬離子：雖然溶劑中沒有這一問題，但作為干燥劑的分子篩含有大量的鐵。有些溶劑從分子篩中濾出三價鐵離子，這種分子篩與DNA鍵合，引起堿基修飾和核苷酸間的切除。其他金屬離子可能也是有害的。
2．試劑
DNA合成時，脫氧核糖核苷單體中小量的高反應活性的雜質造成的影響非常大。應用大量過量單體，擴大了雜質的影響。檢測比較困難，但應該引起高度注意。在催化劑、偶聯劑和脫保護劑中的雜質一般影響較小。
3．儀器
DNA合成可以用很多不同類型的儀器進行，總的原則是既能應用于磷酰二酯法，也可用于亞磷酰胺三酯法。儀器一般分為4種類型：手動、半手動、半自動化和自動化（DNA合成儀）。DNA合成儀減少了合成所需的手工勞動，但是儀器并不能取代人，機器的錯誤是隨著儀器本身的檢察能力而變化的。甚至的儀器都還沒有能夠準確地分析一個合成的成功與否或者根據提供的信息作調整的“反饋控制”。因此儀器并不是真正的“自動”（注意：測量釋放的DMT基團僅僅是一種機械的檢查，對可獲得的產物量不是可靠的指導，只是對鏈擴增的效率有指導作用）。總之，無論選擇哪種類型的儀器，接觸溶劑的部分選用玻璃或是聚四氟乙烯材料。
