DNA合成和純化系統(tǒng)使DNA合成的4個過程（合成、切除、脫保護及純化）自動完成，定量、自動地收集DNA產(chǎn)品。這些過程在3種同時運行的模塊中完成。
DNA合成所需的全部化學步驟都在合成柱內(nèi)進行，合成DNA所需要的全部試劑和溶劑都可以通過試劑運輸系統(tǒng)供給。在柱子（起始載體結合的核苷是裝在一次性的柱子中，該柱子除柱體外還有兩個固定過濾板和兩個接頭，所有部件都是由惰性材料制成）中發(fā)生3個化學過程。
*個過程發(fā)生在合成模塊中。柱中含有3’端核苷，與載體物質共價結合，一次加1個堿基到載體結合的核苷上，DNA鏈就開始增長，合成的粗寡核苷酸既可帶5，—DMT基團，也可不帶5，—DMT基團，而純寡核苷酸的合成必須帶5’—DMT基團。
在自動生產(chǎn)寡核苷酸的第二個過程中，柱子被切換到切除模塊，這里濃的氫氧化銨溶液被輸送到柱內(nèi)，從載體上切除寡核苷酸，然后將氫氧化銨溶液中的DNA產(chǎn)物轉移到脫保護模塊。
第三個過程是脫保護，將含寡核苷酸的溶液在65℃加熱1h以達到從寡核苷酸上去除掉保護基團的目的。
第四個過程為純化模塊，所希望獲得的全長寡核苷酸與失敗片段及其他雜質分離。純化是將混懸在氫氧化銨溶液中脫保護的產(chǎn)物通過原來的柱內(nèi)的載體來完成。DMT化的全長寡核苷酸在柱內(nèi)結合到載體上，而脫DMT的失敗片段和其他雜質都被沖洗去掉。接著經(jīng)脫DMT后，用20％的乙腈水溶液：將DNA產(chǎn)物從柱上洗脫下來。
已純化的寡核苷酸應用UV（紫外線）檢測系統(tǒng)，在20％的乙腈溶液中進行定量測定，當樣品輸送到樣品收集模塊時通過檢測器，吸收以光密度單位（ODU）表示，產(chǎn)量則以皮摩爾（pmole）表示。自動合成寡核苷酸是以樣品收集模塊（module）中收集DNA樣品而告完成。
