腸道微生物是由一群構成不同的微生物群體組成，其中包括細菌，古細菌和真核生物，它們親密無間的生活在一起。在過去二十年間，科學家們對于這些小生物的興趣日趨濃厚，很大一部分原因是由于測序技術相關的分析飛速發展，今天大量的證據表明腸道微生物在宿主生理病理，以及腸道免疫平衡過程中扮演了重要的角色。
近期Cell出版社旗下的Trends in Microbiology雜志發布了題為“Fate, activity, and impact of ingested bacteria within the human gut microbiota"的綜述文章，收集了大量腸道微生物組成和代謝的相關數據，分析它們在臨床研究中的意義，同時也探討了其中的分子機制，以及它們對宿主健康的影響。
2009年，一組研究人員對胖瘦不同的同卵雙胞胎（31對）、異卵雙胞胎（23對）及其母親（46個）共154個個體的腸道微生物進行了研究。
研究人員測定了這些個體中微生物16S rRNA基因的V2和V6區，并選取了18個個體，測定了其腸道微生物群落的DNA。結果表明肥胖與腸道門級微生物的變化相關，胖人與瘦人相比，微生物多樣性明顯降低，擬桿菌門（Bacteroidetes）所占比例較低而放線菌門（Actinobacteria）所占比例較高。通過Shotgun reads與多個數據進行比對，他們也發現不同個體中含有大量共有的微生物基因，在基因水平上可將它們定義為“核心微生物組"，而個體中的微生物與核心微生物組的偏離，則與各種不同的生理狀態相關（如胖瘦）。
之后另外一組研究人員以18個II型糖尿病男性患者及18個正常男性為研究對象，對其糞便中微生物16S rRNA基因的V4區進行了測序。序列分析結果發現這些序列分屬于五個門的微生物，包括壁厚菌門（Firmicutes）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、變形桿菌門（phyla Proteobacteria）, 放線菌門（phyla Actinobacteria）和疣微菌門（phyla Verrumicrobia），其中壁厚菌門和擬桿菌門所占比例高達90%以上。
糖尿病患者的腸道菌群中壁厚菌門和梭菌綱（Clostridia）的含量明顯低于正常人。另外，擬桿菌門/壁厚菌門以及Bacteroidetes-Prevola/ C. coccoides- E. rectale的比例與血糖濃度成正相關，但是與身體指數卻不相關。β變形桿菌（Betaproteobacteria）在糖尿病患者中也大量富集現象，并且這類細菌與血糖濃度也成正相關。由此揭示人類II型糖尿病的病因與腸道微生物群落組成變化有。
另外一方面，研究人員還分析了抗生素對人類腸道微生物群落組成的影響。來自斯坦福大學的研究人員測定了3個人在服用*前后腸道微生物16S rRNA基因的V6和V3區的序列。將獲得的序列與Silva和RPD數據進行比對，共鑒定得到了3,300～5,700個分類單元。
研究發現服用抗生素*會降低人體腸道微生物的豐富度、多樣性及均勻度，受影響的細菌類群約達三分之一，但是這種影響程度存在顯著的個體差異。
此外，還有越來越多的疾病發現與腸道細菌有關，如耶魯大學的研究人員發現一些壞細菌能夠掌控免疫系統，并影響腸道。他們證實了人類腸道中高水平的IgA抗體涂層與炎癥反應之間的關聯。為此，研究人員從一小群患者中收集了“好"細菌和“壞"細菌，并將它們移植到小鼠體內。在健康小鼠中，它們未對腸道炎癥造成影響;而在誘導性大腸炎小鼠中，移植可疑“壞"細菌的小鼠顯示出過度的炎癥及其他一些炎癥性腸病癥狀。
這些研究成果均指出了抗菌治療在相關疾病治療中的重要作用，也許未來我們能在這一領域獲得關鍵性的進展。
