2009年，定向蛋白質組學得到了快速發展，因此被《Nature Methods》評為值得關注的技術（Method to Watch）。2010年，這項技術繼續邁著大步向前走。

“鳥槍法”是我們較為熟悉的蛋白質組研究方法，也就是將蛋白混合物消化成肽段，并在質譜上分析。這樣做在理論上能發現樣品中所有蛋白，而實際上是挑戰性的，且需要大量的資源。對于許多類型的實驗來說，研究人員并不需要發現新蛋白，而是想了解在不同條件下少數蛋白的相對變化。這可以通過選擇反應監測（SRM，也稱為多反應監測，MRM）技術來實現。

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SRM分析在三重四級桿儀器上開展，可以監測來自特征肽段的碎片離子信號，在很多非常復雜的基質中進行定量。SRM圖非常簡單，通常只包含一個峰。這種特征性使SRM圖成為靈敏度高且特異性強的理想定量工具。與鳥槍法蛋白質組學相比，SRM的蛋白檢測相對快速且簡單。

盡管SRM方法已經出現了很多年，但它卻沒有大規模應用，主要瓶頸在于很難產生高質量的SRM分析。在過去幾年，選擇適當的肽段以及利用粗制的肽段高通量產生SRM分析的方法被不斷開發出。這也使得Ruedi Aebersold實驗室能夠大大擴展它們的SRM Atlas數據庫。Ruedi Aebersold是瑞士蘇黎世理工學院ETH的系統生物學教授，也是大名鼎鼎的美國系統生物學研究所（ISB）的聯合創始人。

今年9月，ISB和ETH在人類蛋白質組組織（HUPO）第9屆年會上宣布，他們已通過質譜分析完成了人類蛋白質組完整圖譜*階段的繪制。這些數據將作為ISB/ETH PeptideAtlas （）計劃的一部分，通過ISB/ETH SRMAtlas數據庫（）供研究人員調閱。

據研究人員稱，他們已為每一個編碼基因生成了“金標準”參照質譜譜系。該參照圖譜將能使研究人員采用SRM等的定向質譜技術來檢測和定量任何生物學樣本中的任何人類蛋白質。研究人員已進行了150,000多次SRM分析，每種蛋白質至少選5個蛋白特異的肽，每個檢測一次。此外，他們還針對所有膜蛋白質和幾乎所有可能包含碳水化合物的蛋白質進行了SRM檢測。

人類蛋白質組計劃的目標是讓所有的生物學家能夠調閱所有的人類蛋白質。該計劃得到了安捷倫科技公司和AB/SCIEX 公司這2家技術公司的支持，他們分別為ISB和 ETH 蘇黎世提供儀器支持，賽默飛世爾科技公司和JPT公司提供肽段，OriGene公司則提供純化的人類蛋白質。

隨著SRM分析的發展，該技術的生物應用也越來越廣。許多研究人員看到了這項技術在生物標志物驗證和系統生物學研究上的巨大潛力。不久前，Ruedi Aebersold實驗室還利用SRM驗證了線蟲中計算機預測的microRNA靶點（Nat. Methods 7, 837–842; 2010）。

研究人員以線蟲let-7突變體及其野生型作為實驗材料，利用SRM定量了蛋白提取物中的161個蛋白。結果發現，161個蛋白中的29個蛋白表達量在突變體中發生變化，這可能是由于let-7基因和不同的靶點互作結果——該結果得到了獨立下游實驗包括遺傳互作、多聚核糖體分析和螢光素酶分析的驗證。

作者認為，定向質譜分析可廣泛應用在驗證計算機方法或大規模實驗所產生的候選名單，并且，這種策略也適用于線蟲以外的其他物種。也許，在2011年，我們能看到更多更有趣的應用。（來源：生物通