近日來自澳大利亞昆士蘭大學、哈佛大學和羅氏Nimblegen公司的研究人員開發(fā)了一種靶向RNA測序新技術，并利用這一技術對常規(guī)測序無法檢測到的微量及瞬時表達人類基因組轉錄本進行了鑒別和特征分析。相關研究成果在線發(fā)表在11月13日的《自然生物技術》（Nature biotechnology）雜志上。

澳大利亞昆士蘭大學的John S Mattick教授、美國哈佛大學的John L Rinn教授和羅氏Nimblegen公司的Jeffrey A Jeddeloh為這一項目的共同。Mattick現(xiàn)任昆士蘭大學的分子生物學教授及分子生物學研究所所長，他曾擔任澳洲基因組研究中心創(chuàng)辦所長。其非凡的事業(yè)包括開發(fā)了澳洲*個基因改造疫苗。2001年Mattick獲頒澳洲勛章，并于2003年榮獲澳洲政府百年特殊貢獻獎章。Rinn教授是哈佛大學的青年科學家，其長期從事RNA研究，2009年被評為美國國內(nèi)撼動科學界的青年英才。Jeddeloh十數(shù)年致力于DNA甲基化研究，2007年加入羅氏Nimblegen公司，現(xiàn)為商業(yè)發(fā)展部負責人。
 

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這一靶向性的RNA測序技術被命名為“RNA CaptureSeq”。研究人員稱這一技術集成了當前的基因捕獲技術（gene capture techniques）和的深度測序（deep sequencing）技術。
基因捕獲技術是目前應用前景的基因克隆方法之一。利用該技術建立的隨機插入突變的突變體文庫，可用于尋找、鑒定和研究大量未知功能和已知功能的活化基因，它是繼自然突變、物理突變和化學突變之后發(fā)展起來的新的分子生物學方法。

深度測序則又稱作新一代測序，主要特點是測序通量高，測序時間和成本顯著下降，將這種高通量測序技術應用到RNA上，也就是將各種類型的轉錄本進行高通量定量檢測，統(tǒng)稱為RNA-seq或RNA測序。隨著新一代高通量測序技術的快速發(fā)展，RNA測序已成為基因表達和轉錄組分析的重要手段。
機體中的每個細胞都擁有一套完整的基因組，然而不同的細胞卻利用不同的遺傳信息來發(fā)揮其特定的功能。轉錄組是某個物種或特定細胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA的綜合，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。轉錄組檢測對于了解發(fā)育及疾病的機理均具有非常重要的意義。

在這篇文章中，研究人員利用新技術對任意特定時間點不同類型人類細胞中的轉錄組進行了檢測分析，從中鑒別出了大量重要的致癌基因和發(fā)育基因的新轉錄本，以及非編碼RNA。分析結果表明人類轉錄組遠比之前認為的還要復雜的多。
新技術為深入研究不同細胞間的基因表達差異開啟了新的途徑。“相比于傳統(tǒng)的遺傳分析技術，RNA CaptureSeq技術能以更高的分辨率對全基因組進行分析，從中鑒別出與復雜疾病相關的區(qū)域，成本也更為低廉。鑒于這些優(yōu)勢，我們可以預見RNA CaptureSeq將在不久之后作為一種重要的技術廣泛地應用到研究和臨床應用中，”Mattick教授說。

來源：生物通