一場自德國而起的大腸桿菌疫情迅速蔓延，演變成世界范圍內zui大的STEC/HUS(腸出血性大腸桿菌)疫情之一，這也是德國*通報zui大STEC/HUS疫情，引發了歐洲，乃至的極大震動。這一事件發生后，不少科研機構都對這一疫情病原展開了追蹤和分析，zui終確認了這一暴發的腸出血性大腸桿菌(EHEC)疫情是由一種名為“O104:H4”的腸出血性大腸桿菌變種引起。

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2月來自麻省理工學院與哈佛大學Broad研究所的研究人員發表了題為“Genomic epidemiology of the Escherichia coli O104:H4 outbreaks in Europe, 2011”的文章，通過流行病學基因組分析方法(Genomic epidemiology)這一新熱點技術，評估了O104:H4這一變種的多樣性，并從中發現了多個SNPs，這將有助于科學家們更深入的了解細菌遺傳變化。相關成果公布在《美國國家*院刊》(PNAS)雜志上。
基因組學的發展無疑促進了不少領域的進步，近年來尤其是在流行病學研究方面，這一技術已經發揮出了重要的作用。在Science剛剛公布的2012年科研熱點預測中，Genomic epidemiology(基因組流行病學分析)就榜上有名，科學家們紛紛利用基因組技術來分析流行病，比如此次的德國大腸桿菌疫情，還有科學家利用基因組測序，分析了人體免疫對抗流感病毒的基因，發現個體是否容易得流感。

在這篇文章中，研究人員將去年5月-7月期間德國爆發的大腸桿菌變種，與7月份在法國西南部爆發的小規模大腸桿菌疫情的變種進行了比對分析，并進行了分子流行病學分析。通過多平臺全基因組測序分析，研究人員評估了去年爆發的大腸桿菌疫情變種的全部多樣性。
他們從德國疫情中分離的菌株顯示出的多樣性很少，在4個個體中只發現了2個SNPs，而從法國疫情中分離的菌株則有更高的遺傳多樣性——在7個個體中發現了19個SNPs。由此可見，德國疫情的菌株可能是法國疫情菌株中的一個亞集。

研究人員認為，從這種顯著的多樣性差別可以提出幾種假說，比如德國分離出的菌株可能通過某種遺傳瓶頸清除了多樣性，或者這兩種大腸桿菌群體存在突變率的變化。
2011年的德國大腸桿菌疫情給我們留下了深刻的印象，國內研究人員也在追蹤病原等方面作出了努力，比如華大基因研究院等處的研究人員與德國的研究人員一道，揭示了這種變種的基因組大小為5.2Mb。并通過對序列的分析發現該菌株屬于血清型O104，但O104型大腸桿菌以前未見引起人類感染大規模爆發的報道。通過進一步比對分析發現該菌株與2002年從中非艾滋病患者腹瀉標本中分離的腸侵襲性大腸桿菌55989菌株的同源性超過93%。

來源：生物通