澳大利亞科學(xué)家發(fā)明“拼寫檢查”基因序列新方法

澳大利亞昆士蘭大學(xué)的科學(xué)家發(fā)明一種快速，可靠，簡便的糾錯方法，可如同計算機(jī)檢查文字拼寫錯誤那樣，發(fā)現(xiàn)基因測序過程中產(chǎn)生的擴(kuò)增序列DNA代碼錯誤。這項成果發(fā)表在今年5月出版的《自然》旗下子刊《自然方法學(xué)》Nature Methods上。

新方法編制的軟件稱為“刺槐（Acacia）”，特別適用于分析微生物基因的重要片段——擴(kuò)增子。基因測序儀閱讀DNA堿基代碼的四個字母表：As，Cs，Ts和Gs，并拼寫出不同生物體的基因后，“刺槐”軟件分析輸出結(jié)果。“刺槐”通過使用似然性的統(tǒng)計理論分析DNA的特定堿基序列，而這些堿基常常在基因測序中被錯誤地添加或刪除。該方法集成了計算機(jī)科學(xué)，統(tǒng)計學(xué)和生物學(xué)，屬生物信息學(xué)范疇。

當(dāng)前，冗長的A，C，G，T代碼引起的機(jī)器錯誤常常導(dǎo)致生物學(xué)家們誤解基因的種類，誤解諸如來自污水處理廠、海洋、甚至我們的腸道樣本中可能存在的微生物種類。為此，科學(xué)家們主要使用雙誤差校正軟件進(jìn)行校正。同這些工具相比，“刺槐”不僅具有明顯的優(yōu)勢，而且便于使用。