天然抗原可取自動物組織、微生物培養物等，須經提取純化才能作包被用。如HBsAg可以從攜帶者的血清中提取，一般的細菌和病毒抗原可以從其培養物中提取，蛋白成份抗原可從富含此抗原的材料中提取等（例如AFP從臍帶血或胎肝中提取）。重組抗原是抗原基因在質粒體中表達的蛋白質抗原，多以大腸桿菌或酵母菌為質粒體。重組抗原的優點是除工程菌成份外，其他雜質少，而且無傳染性，但純化技術難度較大。以大腸桿菌為質粒體的重組抗原如不能充分除大腸桿菌成份，用于Elisa，在反應中可出現假陽性，因不少受檢者受大腸桿菌感染而在血清中存在抗大腸桿菌抗體。重組抗原的另一特點是能用基因工程制備某些無法從天然材料中分離的抗原物質。 例如丙型肝炎病毒（HCV）尚不能培養成功，而且丙肝病人血清中HCV抗原含量極微。多肽抗原一般只含有一個抗原決定簇，純度高，特異性也高，但由于分子量太小，往往難于直接吸附于固相上。多肽抗原的包被一般需先使其與無關蛋白質如牛血清白蛋白質（BSA）等偶聯，借助于偶聯物與固相載體的吸附，間接地結合到固相載體表面。應用多肽抗原的另一注意點為他僅能檢測與其相應的抗體。一種蛋白質抗原往往含有多個不同的能引起抗體產生的決定簇，因此在受檢血清中的其他抗體就不能與該多肽抗原發生反應。另外，某些微生物發生變異時往往發生抗原結構變化，在這種情況下，用個別多肽抗原進行包被可引起其他抗體的漏檢。
