多克隆抗體（多抗）能識別任一抗原上的多個表位，而單克隆抗體（單抗）僅檢測任一抗原上的一個表位。

多克隆抗體的優點：

1. 多克隆抗體可有助于放大低表達水平的靶蛋白信號，因為靶蛋白可在多個表位上結合不止一個抗體分子。但是這會給定量實驗造成不利影響，因為結果將變得不準確

2. 比單克隆抗體更能容許抗原中的微小變化。

3. 由于能識別多個表位，多克隆抗體可在IP/ChIP中得到更好的結果。

4. 它們會識別出與免疫原蛋白質具有高同源性的蛋白質，或者從非免疫原物種的組織樣品中篩選靶蛋白，例如當未測試物種中的抗原性質未知時，有時會使用多克隆抗體。這也使得檢測免疫原序列以確定是否有任何交叉反應性非常重要。

5. 多表位通常可提供更為有力的檢測。

6. 多克隆抗體通常是檢測變性蛋白質的。

7. 多克隆抗體不適用于探測抗原的特定結構域，因為抗血清通常可識別多個結構域。
不足之處：

1·易于產生批次間差異。

2·產生大量非特異性抗體，有時可能在某些應用中產生背景信號。

3·多表位使得檢測免疫原序列以確定是否有任何交叉反應性非常重要。

客觀事實：

1. 識別任一抗原上的多個表位。獲得的血清將包含不同親和力抗體的異質復合體混合物。

2. 多克隆抗體主要由 IgG 亞類組成。

3. 肽免疫原通常用于產生靶向*表位的多克隆抗體，特別適合高同源性的蛋白家族。

抗體制備：

1. 制備所需技術和技能不高。

2. 制備時間短。

3. 多克隆抗體不適用于探測抗原的特定結構域，因為多克隆抗血清通常可識別多個結構域。
單克隆抗體優點：

1. 雜交瘤制得后，就成為了恒定的再生源，所有批次都將相同–對確保實驗步驟和結果的一致性和標準化非常有幫助。

2. 單克隆抗體通常在切片和細胞染色造成的背景較低。因為它們以更強特異性檢測一個靶表位，所以不太可能與其它蛋白質發生交叉反應。

3. 與多克隆抗體相比，單克隆抗體的同質性非常高。如果實驗條件保持不變，單克隆抗體的各實驗結果重現性很高。

4. 由于具有特異性，單克隆抗體非常適于用作分析測定中的一抗，或者用于檢測組織中的抗原，并且通常所產生的背景染色顯著低于多克隆抗體。

5. 單克隆抗體的特異性能使其在混合物中和抗原地結合。
不足之處：

1·可產生大量特異性抗體，但是可能特異性過強。

2·經過抗原的化學處理后比多克隆抗體更易于丟失表位。這可通過使用同一抗原的兩個或多個單克隆抗體進行補償。

客觀事實：

1. 僅檢測抗原上的一個表位。

2. 它們僅由一個抗體亞型組成。在需要二抗進行檢測時，應針對正確的亞類選擇抗體。

抗體制備：

1. 需要高技術。

2. 需要先培訓才能使用技術。

3. 制備雜交瘤耗時長。