一.菌種類型
（一）標準茵株
要搞好臨床微生物學檢驗質控，必須保存有一批標準菌株，作為對儀器、培養基、染色液、試劑和診斷血清的質控菌株，也可作為從事細菌檢驗的工作人員熟悉某些菌株的教具。
1.標準菌株的條件

（1）形態、生理、生化及血清學特性典型，并相當穩定。
（2）菌株對所試藥物產生恒定的抑菌環和恰當的MIC 值。
（3）對測試項目反應敏感。如測試巧克力瓊脂平板的分離能力，應選流感嗜血桿菌或腦膜炎奈瑟菌。
2.標準菌株的來源
（1）ATCC：美國典型菌種保藏中心。
（2）NCTC：英國國家典型菌種保藏中心。
（3）（中國）國家菌種保藏中心。
（4）實驗室分離菌株：實驗室分離菌株必須經過嚴格鑒定，其形態、生理、生化特征典型，經多次傳代，特征恒定，否則不能作為標準菌株。
（二）臨床菌株
臨床分離的菌株，可保存幾天、幾星期或根據需要選擇一些菌株長期保存，以便進行統計、分析，或用于教學和研究。

二.菌種保存
保存菌種用的培養基必須能維持使微生物長期生存且不出現生長或新陳代謝過于旺盛的情況，菌株能較長時間存活且保持性狀穩定。
1.菌種保存的注意事項
（1）不能用含有可發酵性糖的培養基保存菌種。
（2）不可以使用選擇性培養基，不能從藥敏試驗平板培養基上留取菌株。
（3）不可使培養菌干枯，所有試管要保持良好的密封性。
（4）對溫度變化敏感的細菌，如淋病奈瑟菌和腦膜炎奈瑟菌，不可貯存于冰箱，但可用快速冷凍干燥法長期保存。
（5）作為抗菌藥物敏感試驗用的標準菌株，由保存狀態取出后，不能連續使用1 周以上，應定期傳代，但一般不超過6 次，必要時進行更換。
2.菌種保存的方法
保存菌種的方法，應根據菌種的類型和保存目的進行選擇，一般包括以下幾種方法：
（1）培養基保存法：此法不需要特殊設備，并可隨時提供使用，為常用的一種保存方法，其缺點是易發生變異。營養要求不高的細菌，可用半固體保存法，一般2～3月轉種1次，并檢查菌株特性，如特性已改變，則需丟棄。特殊培養要求的細菌，如流感嗜血桿菌可接種巧克力瓊脂斜面，密封后冰箱貯存，每2周轉種1次。淋病奈瑟菌保存于巧克力瓊脂，每天或隔天轉種1 次，不宜4 ℃冰箱保存，因易死亡。
（2）快速冷凍法：將純培養細菌在液體培養基上增菌后，取數個新鮮菌落加入含小牛血清或脫纖維綿羊血的培養基內制成濃菌懸液，再放人無菌玻璃珠，將此瓶放入－30℃以下低溫冰箱保存。需要時用無菌鑷子取出1 粒玻璃珠置增菌培養液中，增菌培養后即可獲得新鮮菌種。用此方法，大部分細菌可保存6 ～12 月，甚至更長時間。
（3）冷凍干燥法：是菌種保存*方法，可以免去細菌因頻繁傳代而造成菌種污染、變異和死亡。此法需冷凍干燥設備，操作較費時，但適用于需要長期保存的菌種。
三.菌種管理
（1）實驗室保存菌種需按規定時間轉種，每轉種3代作一次鑒定，并有詳細記錄卡，包括菌種名稱、編號、來源、保存日期、傳代情況等。
（2）實驗室保存菌株不得擅自處理或帶出實驗室，如確需要帶離實驗室，須經上級領導批準，并做好詳細的記錄。
（3）菌種應有專人保管，如遇工作調動，應及時做好交接工作。