盡管固定對于組織形態的保留是*的，但這一過程對IHC/ICC檢測也有不良影響。固定可能會改變蛋白的生化特性，如目的表位被掩蓋，或不再與一抗結合。表位的掩蓋可能是由氨基酸與表位的交聯、表位附近無關肽段的交聯、表位構象的改變或抗原靜電荷的改變引起的。抗原修復指的是逆轉表位掩蓋和恢復表位-抗體結合的技術。
抗原修復技術
抗原修復的需要取決于多個變量，包括但不限于，目的抗原、所使用的抗體、組織類型，以及固定方法和持續時間。多克隆抗體能識別多個表位，因此即使不進行抗原修復，它們也比單克隆抗體更有可能檢測到特定抗原。
目前有多種技術可恢復表位的免疫反應性。簡單的方法有改變抗體稀釋液的pH或陽離子濃度，這可能影響抗體與表位的親和力。對于部分掩蓋的表位，在開始抗原修復之前可以先試試改變一抗的孵育條件。不過，這一步也需要抗體濃度、孵育時間和溫度的進一步優化。在討論抗體修復方法時，技術通常分為兩大類，蛋白酶誘導的表位修復（PIER）和熱誘導的表位修復（HIER）。一旦優化好，抗原修復的影響可能是明顯的。
蛋白酶誘導的表位修復（PIER）
在PIER方法中，蛋白酶K、*和*細菌培養基等都曾成功恢復抗體與表位的結合。人們認為作用機制是切割了可能遮蓋表位的肽段。PIER的缺點在于恢復免疫反應性的成功率低，且有可能破壞組織形態和目的抗原。 熱誘導的表位修復（HIER）
HIER被認為能逆轉一些交聯，并實現表位二級或三級結構的重建。每種組織、固定方法和待研究抗原的實驗方案必須經過優化。總的來說，HIER的成功率比細菌培養基要高得多。HIER可利用微波爐、高壓鍋、蒸屜、高壓滅菌鍋或水浴開展。在HIER實驗中，微波爐是越來越流行的設備。這些方案大多加熱5分鐘，然后更換緩沖液。對于所有HIER方法，在開始IHC/ICC孵育之前必須讓玻片冷卻。HIER對時間、溫度、緩沖液和pH特別敏感，*方法必須根據經驗確定。 優化與限制
抗原修復可能需要加強樣品與玻片或蓋玻片的附著。此外，此技術對于冰凍組織切片和酒精固定切片通常過于劇烈。對于每種設備，時間、溫度和pH必須經過優化（如92-95 °C水浴中的5-10分鐘，相對120 °C高壓鍋中的1-5分鐘）。為了優化抗原修復，必須開展初步研究，使用時間、溫度和pH的各種組合。在使用抗原修復方法時，應始終考慮到染色假象的可能性。實驗應當包含對照，以證明特異的抗體結合，因為染色常受到實驗中多個變量的影響。
R&D Systems提供了一些試劑，可改善組織抗原檢測，并增強免疫反應性。在初次優化時，研究人員可比較經中性pH 7.0通用抗體修復液（貨號CTS015）處理的樣品和未經過抗原修復的同一組織樣品。之后可能需要使用酸性或堿性的抗原修復液，這取決于組織。他們發現，堿性抗原修復液（貨號CTS013）的處理通常很成功。同時也提供酸性（貨號CTS014）以及試用裝（貨號CTS016）的抗原修復液。與中性溶液相比，酸性和堿性抗原修復液更可能影響組織形態。
