子科生物報(bào)道：DNA甲基化是一種保守的表觀遺傳修飾，對(duì)基因表達(dá)和基因組穩(wěn)定性至關(guān)重要。RNA介導(dǎo)的DNA甲基化（植物RdDM途徑）是植物小RNA參與表觀調(diào)控的重要方式，其需要兩個(gè)植物*的RNA聚合酶Pol IV（大亞基NRPD1為催化核心）和Pol V（大亞基NRPE1為催化核心）以及大量的輔助蛋白。RdDM可以在轉(zhuǎn)錄水平抑制轉(zhuǎn)座子和基因，并參與到植物生物和非生物脅迫、植株再生、植物生長(zhǎng)和果實(shí)成熟發(fā)育等生物學(xué)調(diào)控過(guò)程。

　　在本研究中，科研人員通過(guò)全基因組甲基化測(cè)序以及差異甲基化區(qū)域(DMRs) 分析發(fā)現(xiàn)，開(kāi)花調(diào)控基因FVE能夠影響部分RdDM通路調(diào)控位點(diǎn)的DNA甲基化水平。siRNA測(cè)序以及差異表達(dá)區(qū)域的分析說(shuō)明FVE參與RdDM通路siRNA的調(diào)控，尤其是下游siRNA的累積。qRT-PCR實(shí)驗(yàn)分析說(shuō)明FVE影響 PolV轉(zhuǎn)錄本的轉(zhuǎn)錄水平。此外FVE調(diào)節(jié)DNA甲基化水平的變化伴隨著相同趨勢(shì)的siRNA水平的變化。染色體免疫沉淀測(cè)序試驗(yàn)（ChIP-seq）進(jìn)一步說(shuō)明FVE傾向于結(jié)合RdDM通路下游調(diào)控位點(diǎn)，進(jìn)而調(diào)節(jié)DNA甲基化。

　　另外，雖然RdDM途徑跟組蛋白修飾之間的相互關(guān)系已經(jīng)有了深入的研究，但是現(xiàn)有的分子機(jī)制并不能*闡述組蛋白修飾跟RdDM作用位點(diǎn)的調(diào)控關(guān)系。中國(guó)科學(xué)院分子植物科學(xué)卓yue創(chuàng)新中心郎曌博研究組和南方科技大學(xué)杜嘉木研究組合作通過(guò)正向遺傳學(xué)篩選到了參與基因沉默的突變體，通過(guò)克隆發(fā)現(xiàn)是具有Tudor domain的基因RDM15功能缺失造成的。通過(guò)甲基化測(cè)序和DMR的分析發(fā)現(xiàn)，RDM15影響的甲基化位點(diǎn)是RdDM作用位點(diǎn)。該工作發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的H3K4me1識(shí)別蛋白RDM15，其通過(guò)招募Pol V來(lái)參與RNA介導(dǎo)的DNA甲基化過(guò)程的新機(jī)制。

　　通過(guò)FVE的免疫沉淀和質(zhì)譜聯(lián)用（IP-MS）IP-MS實(shí)驗(yàn)分析發(fā)現(xiàn)FVE與RDM15蛋白能夠相互作用，通過(guò)酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)（Y2H）和Split-LUC實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步確認(rèn)了二者的互作關(guān)系。利用RDM15的全基因甲基化數(shù)據(jù)以及DMR分析，證明FVE和RDM15共同調(diào)節(jié)部分RdDM位點(diǎn)的DNA甲基化水平。FVE與RDM15的研究分析進(jìn)一步確認(rèn)FVE參與RdDM通路下游功能調(diào)節(jié)的分子機(jī)制。

FVE與RDM15相互作用作用，調(diào)節(jié)RdDM通路相關(guān)位點(diǎn)的DNA甲基化和siRNA累積。

圖片說(shuō)明，F(xiàn)VE的DMR（A），siRNA差異表達(dá)區(qū)域(B)以及染色質(zhì)上結(jié)合位點(diǎn)（C）的分析實(shí)驗(yàn)，證實(shí)FVE參與RdDM通路下游調(diào)控位點(diǎn)的DNA甲基化和24-nt siRNA累積水平。Split-LUC等實(shí)驗(yàn)分析結(jié)果(D)驗(yàn)證FVE與RDM15相互作用，F(xiàn)VE與RDM15的DMR區(qū)域有很高的重疊（E），IGV示例（F）說(shuō)明二者共同調(diào)節(jié)RdDM相關(guān)位點(diǎn)的DNA甲基化。