酶標儀在食品相關實驗室的應用主要有以下幾個方面：

（1）糧油檢測

不管是淀粉廠、面粉廠、糧油企業，還是糧食收購站、糧食儲備庫、、糧庫等，都離不開酶標儀！在這些行業中，酶標儀主要承擔的任務是進行真菌毒素的檢測，zui常檢測真菌毒素是嘔吐毒素。

真菌毒素的檢測按實驗流程為：稱量、加提取液、振蕩混勻、離心或過濾，然后加樣、洗板、孵育、加底物、加終止液，zui后由酶標儀讀數，計算結果。根據實驗流程，酶標儀配套的設備有天平、旋渦混合器、離心機、移液器、電熱恒溫培養箱以及真菌毒素試劑盒。

（2）肉制品檢測

肉制品檢測行業包括養殖廠、屠宰場、肉制品深加工企業等，酶標儀在這些行業的作用主要是檢測瘦肉精（鹽酸鹽酸克倫特羅、萊克多巴胺、等）、抗生素等獸藥殘留。有些客戶會把他叫做獸藥殘留檢測儀。

（3）乳品檢測：

酶標儀在乳品行業中主要是檢測乳品中的。另外，還可以檢測乳品中的違法添加劑—三聚氰胺。

（4）水產品檢測：

酶標儀在水產檢測方面主要應用是檢測、孔雀石綠等抗生素。

除食品行業外，酶標儀在飼料、畜牧和醫療行業也發揮著極為重要的作用。在飼料行業，酶標儀主要是測各種真菌毒素；在畜牧行業（、畜牧推廣站、畜牧獸醫局等），主要是做動物疾病的檢測，如豬口蹄疫、豬藍耳病、豬偽狂犬病、豬瘟等；在醫療上，酶標儀更是應用甚廣，是各級醫院檢驗科的免疫室、HIV初篩實驗室*的設備，用于乙肝、梅毒、艾滋病等病毒類疾病以及優生優育、腫瘤標記物的檢測。