由于生物化學和分子生物學的飛速發展，目前對主要的殺菌劑加藥裝置的作用機理都有了不同程度的了解，但并沒有一種殺菌劑的作用機制是真正搞清楚了。此外，病原菌的被抑制或死亡往往并非對單一位點的作用，而是對多個位點綜合作用的結果。殺菌劑加藥裝置的作用機制，從生物化學的角度講，可歸結為兩大類型：殺菌劑影響了病原菌的生物氧化；影響了病原菌的生物合成。

殺菌劑加藥裝置影響生物氧化：
病原菌的生命過程需要能量，尤其是孢子萌發，更需要較多的能量，這些能量來自碳水化合物、脂肪和蛋白質的氧化，終生成的ATP。
其中碳水化合物的氧化尤為重要。糖的氧化主要有跬罰海?）糖酵解通路：
這是不需氧的呼吸過程，是葡糖或葡糖—l—磷酸轉變成丙酮酸的過程，而在缺氧情況下，糖酵解則包括丙酮酸進一步還原成乳酸(在哺乳動物中)或經乙醛還原成乙醇(如在酵母菌中)。糖酵解是在細胞質中進行的。

殺菌劑加藥裝置有氧氧化：
其前面一大段和糖酵解相同，只是到磷酸甘油醛時，才在輔酶I的作用下脫氫(氫后和氧結合生成水)，經二磷酸甘油酸形成丙酮酸乃至乙酰輔酶A，然后進入三羧酸循環轉入電子傳遞鏈及末端氧化。其中三羧酸循環是在線粒體的基質中進行的，而電子傳遞則在線粒體“脊”(即內膜)上進行的。
磷酸戊糖支路：
即從6—磷酸葡糖經6—磷酸葡糖酸到戊糖的旁路，因此又稱磷酸戊糖支路。磷酸戊糖支路也是在細胞質中進行的。