醫療污水處理的主要目的是通過污水處理技術去除污水中的污染物，以達到排放標準。以目前的污水處理技術來說，可以按處理程度來劃分一級、二級和三級處理。

一級處理標準：
       一級處理為物理處理法，關鍵去除廢水中呈飄浮狀態的固體污染物質。歷經一級處理后的廢水，BOD通?？扇コ?0%左右，達不到排放標準的要求。
二級處理標準：
       二級處理關鍵去除廢水中呈膠體溶液和溶解狀態的有機污染物質（即BOD,COD物質），去除率能達90%之上，使有機污染物達到排放標準。處理工藝步驟為一級處理+生物處理，生物處理選用活性污泥法和生物膜法等。
三級處理標準：
       三級處理，關鍵是進一步處理難降解的有機物、磷和氮等能夠導致水體富營養化的可溶性無機物等。關鍵方法有生物脫氮除磷法、混凝沉淀法、砂濾法、活性炭吸附法、離子交換法和電滲析法等。
其它處理法
       普通病房等通常生活污水先經化糞池處理；傳染性疾病門急診和病房的廢水應分開搜集處理；廚房職工食堂的廢水應經設隔油設備處理；放射性廢水應分開搜集處理（歷經衰變池）等。
消毒殺菌處理
       消毒殺菌加工工藝是廢水處理的最終一步，關鍵是消滅廢水中的致病微生物和糞大腸菌群，以達到直接排放標準的要求。關鍵的消毒殺菌方法有次氯酸鈉、臭氧、紫外線、液氯、二氧化氯等若干種。
醫療污水處理工藝的確定

       醫療污水處理屬于小型廢水處理工程。通常小型生活污水二級處理工藝常用的有活性污泥法、生物膜法中的生物接觸氧化法和生物轉盤法等。
生物接觸氧化法
       生物接觸氧化法的兩個技術實質：一是在池內加入填料，早已充氧的廢水浸入全部填料，同時以一定的流速流經填料，填料上吸附了生物膜，在生物膜上微生物的作用下去除廢水中的有機物；二是選用曝氣裝置向微生物提供所需要的氧氣，并起到攪拌和混合的作用。可以說，生物接觸氧化法具有活性污泥法的特點，還具有無污泥膨脹、容積負荷高、間歇運行、操作簡單、運行方便，不需要回流污泥、污泥生成量少等特點，并且管理簡單，剩余污泥少，占地面積小，比較適用于醫院廢水的處理。
消毒殺菌加工工藝
       醫療機構廢水處理選用的消毒設備或消毒劑分成兩大類：一類是選用發生器現場制備消毒劑，例如電解法次氯酸鈉發生器、化學法二氧化氯發生器、臭氧發生器、紫外線發生器；另一類是選用商品消毒劑由計量泵自動定比投加，例如液氯和高濃度次氯酸鈉溶液。無論選用何種消毒劑，均應將運行安全、管理方便、少耗水電、造價及維護費用低廉等方面做為選用的先決條件。

       電解法次氯酸鈉發生器是選用工業食鹽作原料，生產過程中耗鹽、耗電、耗水、耗人工，且維修費用較高；臭氧發生器生產消毒劑成本較高，不適用高濃度廢水消毒殺菌；紫外線消毒器穿透力有限，不適用大流量、高濃度廢水消毒殺菌；液氯是經濟有效的消毒劑，但由于其具有毒性，存在安全隱患，北京市區內早已禁止應用；二氧化氯發生器制備消毒劑，優點是不再產生其它有毒物質及毒副作用，對芽孢及肝炎病毒有較強的消毒殺菌效果，接觸時間短，是當前可選的消毒殺菌方式；高濃度次氯酸鈉溶液計量泵自動定比投加，經濟、安全，方便管理，特別是在北京地區藥液供應充分及時，是優先選擇的消毒殺菌方式，也是現階段應用數最多的污水處理消毒殺菌方式。
       綜上所述，醫療污水處理工程選用商品高濃度次氯酸鈉溶液做為平時消毒劑，并選用計量泵自動定比投加的消毒殺菌方式，同時備有化學法二氧化氯發生器兩臺以備緊急情況時現場制備消毒劑。