醫院污水要比一般生活污水排放情況復雜，原因在于同一所醫院各隸屬部門的功能、設施和人員等組成情況不同，所產生的污水組成成分及水量各不相同；再之，不同性質的醫院產生的污水也是大有不同。醫院污水來源及成分復雜，具有傳染性，若不經處理或處理不當，會嚴重威脅到人們的健康。
醫院污水處理原則：
全過程控制原則。
       對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。

減量化原則。

       嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道。 

就地處理原則。
       為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。 
分類指導原則。

       根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。

達標與風險控制相結合原則。

       全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
生態安全原則。
       有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。
       目前執行的《污水綜合排放標準》（GB18466-2005），將醫院污水按其受納水體不同的使用功能等規定了相應的糞大腸桿菌群數和余氯標準，對COD、SS等理化指標無特別要求，只需達到要求相對較低的其他排污單位標準，且只給出余氯下限而無上限。

       根據現行標準，現有醫院污水處理工藝級別低，主要存在：

(1) 懸浮物濃度高，影響消毒效果；

(2)水質波動大，消毒劑投加量難以控制；

(3) 消毒副產物產生量大，影響生態環境的安全；

(4）余氯標準無上限，過多余氯危害生態安全等問題。