1. 與其他食品安全通用標準的混淆

例如稀奶油在食品添加劑使用標準中屬于乳及乳制品，但在食品中污染物*中屬于動物油脂。

 2.與SC分類系統的混淆

食品生產許可將食品分為31大類，兩個分類系統只有部分類別相同。現舉例說明：

按照GB2760-2014食品分類系統，肉松類（食品分類號為08.03.07.01）、肉干類（食品分類號為 08.03.07.02）、肉脯類（食品分類號為08.03.07.03）這3類歸屬于熟肉干制品（食品分類號為08.03.07），與醬鹵肉制品（食品分類號為08.03.01）是并列的關系；肉制品生產許可審查細則（2006版）將肉制品分為5個申證單元，其中醬鹵肉制品的申證單元包括白煮肉類、醬鹵肉類、肉糕類、肉凍類、油炸肉類、肉松類和肉干類等，這3類食品和醬鹵肉制品是從屬關系。在GB2760-2014標準中，亞硝酸鈉和亞硝酸鉀是可以使用在醬鹵肉制品類（食品分類號為08.03.01）中，不可以使用在熟肉干制品（食品分類號為08.03.07）中。因此，在判定這3類食品的食品添加劑的使用范圍、使用量時應考慮周全。

在GB2760-2014食品分類系統中，料酒產品應歸為調味品（食品分類號為12.0）中的料酒及其制品（食品分類號為12.07），但是料酒的SC申證單元為液態調味料，可能企業會按照GB2760-2014中液態復合調味料（食品分類號為12.10.03）來使用添加劑，或者機構在判定時也可能考慮不周。

按照GB2760-2014食品分類系統，面包屬于焙烤食品中的面包類（食品分類號為07.01），不屬于糕點類（食品分類號為07.02），且面包與糕點雖同屬焙烤食品，兩者為并列關系；而按照生產許可分類系統，面包屬于糕點，兩者為從屬關系。

按照GB2760-2014食品分類系統，饅頭屬于糧食和糧食制品（食品分類號為06.0）中的發酵面制品（食品分類號為06.03.02.03），不屬于糕點類（食品分類號為07.02），且饅頭與糕點類分屬不同的食品大類。但按照生產許可分類系統，饅頭屬于糕點，兩者為從屬關系。按照GB2760-2014糕點允許*使用甜味劑如甜蜜素、安賽蜜等，而發酵面制品不允許使用。