真菌毒素儲存過程
儲存于通風干燥處：
糧食在收獲后并未死亡，為獲得維持生命活動的能量，需要分解糧食中儲存的大分子如蛋白質、脂肪、糖類，同時產生二氧化碳、水和熱量，為盡快帶走糧食中的水分和熱能，保持低溫、干燥狀態，應儲藏在通風干燥處。應避免糧食堆碼過高、過大。
離地存放：
糧食中的纖維、蛋白質、淀粉等都可以吸潮，為防止糧食發生返潮現象，應離地存放。
加工過程
脫水處理：
由于霉菌的生長需要一定的水分，因此糧食收獲后應及時晾干，以脫出水分，抑制霉菌的生長繁殖。
分類、清理處理：
分類和清理可以降低毒素含量。真菌的菌絲可以把毒素局限在發霉的糧粒上，真菌毒素通過分類、清理，可以除去內部發霉的顆粒和壞掉的顆粒，有助于減少毒素的濃度。只是此法僅適合糧粒較大的食品如花生、玉米。
水洗、擠壓處理：
真菌的菌絲可以在外界壓力下被壓散，從而可以通過碾壓、手搓將菌絲、毒素與糧粒分開，在根據菌絲、毒素不溶于水且比水的比重小的特點，通過水洗除去菌絲和毒素。可通過機械碾壓，再水洗、烘干而去除原糧中的部分真菌毒素。
加熱、壓力處理：
可通過蒸煮、油炸、烘烤、燒烤和罐裝和壓力去除部分真菌毒素。有數據顯示，在用黃曲霉毒素污染玉米粉做成的玉米餅的研究中，發現黃曲霉毒素B1降低了13%±4%。在煮污染了黃曲霉毒素B1的米時，發現一般毒素都會平均減少34%；加壓煮米時毒素會降低得更多(78%~88%)。玉米粉在蒸煮和油炸過程中黃曲霉毒素分別降低28%，34%~53%。
堿處理：
部分真菌毒素可在堿性環境下可以加熱破壞的性質，現代油脂工業，可以通過堿煉這一工藝步驟去除部分真菌毒素。
