1)純水設備懸浮物、有機物污染
水中的懸浮物，就是指在水濾過的同時，在過濾材料表面留下的物質，以粒子成分為主。懸浮物含量高會導致反滲透系統很快發生嚴重的堵塞，影響系統的產水量和產水水質。
對策：
采用超濾預處理，能有效控制SDI15在2以內。處理效果明顯高于使用介質過濾器的預處理。
注：污染指數(Silting Density Index, 簡稱SDI)值，也稱之為FI(Fouling Index)值，是水質指標的重要參數之一。它代表了水中顆粒、膠體和其他能阻塞各種水凈化設備的物體含量。通過測定SDI值，可以選定相應的水凈化技術或設備。
2) 水溫
隨著溫度的升高，水的粘度(粘性系數)則降低。在相同操作壓力下，水溫降低1℃，產水量大約下降3%。因此在冬季，原水水溫低時，反滲透的產水量下降是非常明顯的。
對策：
對原水加溫，保證反滲透的進水水溫在25℃左右。增加膜數量，保證水溫低時達到預期產水量。
3)純水設備水中的余氯
通常自來水管網的末梢要保持一定的余氯濃度；回用水為降低有機物，也會大量投加氧化性殺菌劑。芳香聚酰胺反滲透膜的總累積承受力僅為1000ppm小時，原水進入膜元件之前必須*的去除余氯，防止膜受到余氯的氧化破壞。
對策：
用活性炭吸附余氯，活性炭脫氯不*是由于物理吸附作用，它還有催化作用，使余氯進一步轉化成碳的化合物，活性炭在整個吸附脫氯過程中不存在吸附飽和問題，只是損失少量的炭。所以活性炭脫氯可以運行相當長的時間。例如用19.6m3的活性炭粒料作濾料，處理余氯量為4mg/L的自來水時，可連續處理265萬m3，使其余氯量小于0.01mg/L。投加還原劑(亞硫酸氫鈉)還原余氯。反滲透進水裝ORP/PH儀表在線監測ORP，如超過300MV，則報警并加大還原劑投加量。
4)純水設備過濾過程中的結垢物質的污堵
結垢是難溶性的鹽類在膜表面析出固體沉淀，主要是無機成分，以碘酸鈣為主。結垢是影響反滲透膜性能的主要因素，占反滲透膜污堵原因的80%以上。
對策：
對原水做全面的水質分析，根據原水水質選擇藥劑型號和加藥量，并防止與其他藥劑發生作用導致難溶物質析出。
定期檢查并記錄運行參數，當產水量和產水水質下降10~15%，壓差上升1.5倍，及時化學清洗反滲透膜。
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