醫藥純化水設備制取純化水是一個連續、穩定地將原水“凈化”的過程。反滲透膜作為純化水設備的關鍵部件，主要用途是將水中的雜質去除，可以預見它在系統長期運行的過程中會出現堵塞的情況，同時這也是造成醫用純化水設備堵塞的重要原因。

造成醫用純化水設備堵塞的原因主要分為三類：

1、懸浮物、膠體污堵。在工藝設計時，純化水系統實現質量控制的兩大核心在于控制顆粒物和控制微生物。由于水中含有各種各樣的懸浮物、溶解物質和膠體物質。在RO膜發揮分離水和溶質進行的作用過程，這些雜質會附著在RO膜表面造成RO膜堵塞，進而導致設備出現堵塞。從這一角度來看，根據原水水質來選擇合適的預處理系統具有必要性和重要性。比如，將多介質過濾器、雙軟化器、活性炭過濾器等裝置進行組合而形成預處理系統，對原水進行適當處理，使得出水水質符合后續RO膜的進水要求，可以降低RO系統過濾的壓力，同時也有利于延長RO膜的使用壽命。

2、化學結構。原水經過RO系統處理后，假設按RO系統75%的回收率計算，那么濃水已經過4倍的濃縮，此時水質的離子濃度遠超于其飽和度，結晶析出后形成水垢，會造成醫用純化水設備堵塞。

3、生物污堵。由于地表水含有大量的微生物，當以天然水作為水源來制備純化水時，會有大量的微生物進入RO系統，并且醫用純化水系統的使用環境極易滋生微生物，隨著微生物的生長就會在系統內形成難以去除的生物膜，這就是常見的生物污堵問題。因此，在純化水制備時，需要對原水進行預處理，定期清洗設備，對設備進行殺菌消毒處理，從而控制系統的微生物污染水平。