農村鄉鎮醫院污水處理設備生產排放的污水經管網系統匯集后，經粗格柵后進入后續處理系統。粗格柵主要用來攔截污水中的大塊漂浮物，以保證后續處理構筑物的正常運行及有效減輕處理負荷，為系統的*正常運行提供保證。之后進入用于調節水量和均勻水質得調節池。目的使污水能比較均勻進入后續處理單元。調節池內設置預曝氣系統，可提高整個系統的抗沖擊性，及減少污水在厭氧狀態下的惡臭味，同時可減少后續處理單元的設計規模，污水池內設置潛污泵，用以將污水提升送至后續處理單元。之后經過厭氧好氧沉淀等池子之后，污水進入消毒池進行消毒。

農村鄉鎮醫院污水處理設備在經過格柵和調節池后的污水進入到厭氧池。在厭氧池內設置彈性填料，用于攔截污水中的細小懸浮物，并去除一部分有機物。經回流后的硝化液在此得到反硝化脫氮，提高了污水中氨氮的去除率。之后污水流經好氧池俗稱接觸氧化池。原污水中大部分有機物在此得到降解和凈化，好氧菌以填料為載體，利用污水中的有機物為食料，將污水中的有機物分解成無機鹽類，從而達到凈化目的。好氧菌的生存，必須有足夠的氧氣，即污水中有足夠的溶解氧，以達到生化處理的目的。好氧池空氣由風機提供，池內采用新型半軟性生物填料，該填料表面積比大，使用壽命長，易掛膜，耐腐蝕，池底采用微孔曝氣器，使溶解氧的轉移率高，同時有重量輕，不老化，不易堵塞，使用壽命長等優點。