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       PCR檢測因其高靈敏度、快速、操作方便等優勢已經被廣泛應用，不過正是由于它靈敏度，極微量的污染源都有可能導致檢測結果的假陽性。污染，是PCR實驗室出現實驗假陽性、結果不可信、研發不可靠的重要推手，PCR實驗室應當將防污染作為日常管理、實驗安排、清潔消毒、實驗習慣的核心。
實驗室污染分類:
       1、樣本間交叉污染
       主要是在采（取）樣的過程中，由于取樣工具之間的交叉造成污染，或者在核酸提取的過程中，由于移液器、離心管等使用不當導致的污染。 
       2、PCR試劑的污染
       主要是在PCR試劑配制過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。
       3、克隆質粒的污染
       作為陽性質控品的克隆質粒外溢。
       4、PCR擴增產物污染
       這是PCR反應中最主要見的污染問題。因為PCR產物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可造成假陽性結果。
處理方法:
     （1）清理廢液缸并且對廢液缸用有效氯含量為2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
     （2）用有效氯含量為2000mg/L消毒水對移液槍進行擦洗，關鍵部位為移液槍前端易污染部位，清潔干凈后用潔凈水再擦拭一遍；
     （3）將離心管架、擴增管架、擴增管架底板、吸嘴盒及其他相關物品用有效氯含量為500mg/L的消毒水浸泡2小時后，用清水沖洗干凈晾干后使用；
     （4）對污染區域內的設備如擴增儀、全自動提取儀等，使用核酸氣溶膠污染清除劑進行反復處理，對生物安全柜等含有空氣過濾系統的設備，需更換過濾網；
     （5）用有效氯含量為500mg/L的消毒液對整個實驗室（地板、墻面、天花板、門、窗戶等地方）進行清潔，并且用有效氯含量為1000mg/L的消毒水對實驗室進行噴霧消毒(重點部位為操作區)，有效降解空氣中的氣溶膠與附著在實驗臺表面的核酸污染，同時加大通風量（內循環無用，盡可能外循環）；
     （6）待污染區域及設備器件清理完成后，常用設備和操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時，實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。

污染消除判斷標準:
       設計陰性對照組，根據陰性對照確認污染情況。可使用敞開后隔夜放置操作區的陰性對照進行實驗（在單獨的實驗室驗證），若連續三天陰性對照沒有起跳，則說明污染得到控制，可恢復正常實驗。
       為的降低可能出現的PCR污染或杜絕污染的出現，在實驗室前期設計及日常實驗室管理和操作中，就需要進行合理的規劃以及嚴格執行實驗室SOP，把污染的可能性扼殺在搖籃中。