WB內參抗體選擇指南
內參是什么?
內參是一種特異識別高表達或普遍表達蛋白的抗體,在western blot中用于校正蛋白水平。
什么情況下需要用內參抗體?
1. 定量比較:對比不同點樣孔間信號的時候,內參是必須的。只有各孔間內參的表達量相同,目標蛋白表達量的變化才是可信的。
2. 上樣和轉移確認:內參可以確認是否所有的樣品都加入及各孔間的轉移量是否相等。通過分析內參信號可以確定蛋白從膠轉移到膜上是否均一。
3. 研究發表:大部分雜志要求做WB實驗時提供內參數據,來確保實驗樣本中差異表達量是可信的。內參可以校正各孔間目的蛋白的表達量。
在內參抗體的選擇過程中一般遵循以下原則:
首先要考慮的就是實驗樣本來源于什么物種。
1、哺乳動物的組織或者細胞樣本,通常選擇β-actin、β-tubulin、GAPDH、Lamin B、Histone H3、Na,K -ATPase等。
2、植物來源實驗樣本,則可以選擇plant actin、Rubisco等。
3、其他來源樣本研究較少,所以就應該參照文獻報導,選擇合適的蛋白作為內參。
蛋白分子量
選擇內參抗體時,應該考慮目的蛋白分子量的大小。通常應該保證目的蛋白與內參蛋白分子量相差5KD以上。比如目的蛋白分子45KD,此時不適宜選擇β-actin作為內參,可以考慮選擇GAPDH或者β-tubulin作為內參。
目的蛋白表達部位
就一般的蛋白檢測來說,β-actin、β-Tubulin抗體等就可以了,而針對于核蛋白的定量,特別是樣本蛋白就是核蛋白時,選擇恰當的核蛋白內參則更能體現內部參照的價值。
常用的核內參抗體有Lamin A、Lamin B、Histone H3,除此之外,其它常見的核蛋白內參還有PCNA、K70、K80等,在一些文獻報道中,Erk2、TATA binding protein(TBP)以及c-Jun、c-Fos等都有使用。
而對于膜蛋白檢測,常用的內參抗體為Na,K ATPase。
對于線粒體蛋白的檢測,常用VDAC1和COX IV作為內參抗體。
以上幾條原則只是針對通常情況,但是需要注意的問題是——內參的選擇需要考慮實際的實驗環境。
比如某些細胞中,由于組織缺氧、糖尿病等因素會導致GAPDH的表達增高,不適合做內參。
比如在涉及細胞增殖相關試驗中,c-Jun由于自身表達變化就不適合做內參;而在凋亡實驗時,TBP、Lamin等也不適合作為內參。
因此設計實驗方案的時候應該考慮這些因素并查詢相應文獻,在實驗過程中也應該注意如果內參表達出現異常,應考慮這方面因素。
常見內參:
亞細胞定位 | 內參 | MW(kDa) | 注意事項 |
胞漿/全細胞 | Alpha-tubulin | 55 | 可能不適合關于大年齡差的研究課題[2];Tubulin的表達受抗癌和抗真菌藥物的影響。 |
Beta-actin | 43 | 因β-actin是染色質重塑復合體里面的組分,所以不適用于核提取物[1];可能不適合關于大年齡差的研究課題[2]。 | |
GAPDH | 37 | 因組織缺氧會上調GAPDH的表達,所以不適合做與氧有關的研究[3];可能不適合關于大年齡差的研究課題[2]。 | |
Cyclophilin B | 21 | ||
線粒體 | HSP60 | 60 | |
COX IV | 17 | 很多蛋白質的分子量在15-17kDa之間,因此,如果目的蛋白大小和COX 4接近的話就有必要考慮用其他的內參抗體。 | |
細胞核 | Lamin B1 | 66 | 不適合于胚胎干細胞[4]。 |
HDAC | 60 | ||
PCNA | 29 | 不適合作為非增殖細胞的內參。 | |
Histone H3 | 17 | 很多蛋白質的分子量在15-17kDa之間,因此,如果目的蛋白大小和Histone H3接近的話就有必要考慮用其他的內參抗體。 | |
血清 | Transferrin | 77 | Transferrin水平會受某些疾病狀態和某些處理如視黃酸的影響。 |
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