RNAse-H 的高效工作流程結(jié)合在線工具設計的緊密間距探針，無論 RNA 質(zhì)量高低，無論 RNA 起始量多少，都能高效去除 rRNA

 使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 設計的探針序列，可從任意物種中去除不需要的 RNA起始量范圍廣：10 ng - 1 μg

同時適用于低質(zhì)量和高質(zhì)量 RNA 樣本

 超快速工作流程：僅需 2 小時，手動操作時間少于 10 分鐘

 可提供 RNAClean® 磁珠

在 RNA-seq 中，高豐度轉(zhuǎn)錄本如核糖體 RNA（rRNA）會占據(jù)絕大部分測序數(shù)據(jù)，但它的生物學意義極低，并會掩蓋那些具有真正生物學意義的低豐度轉(zhuǎn)錄本的檢測。當某種樣品沒有相應的 RNA 去除試劑盒時，這一挑戰(zhàn)變的更為嚴峻。NEBNext® RNA 去除核心試劑提供客戶定制，可以從任意物種中去除不需要的 RNA，探針設計工具操作簡單方便（NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool）。

 通過聯(lián)合使用 NEB 提供的 NEBNext® RNA 去除核心試劑和客戶自行設計定制的探針，去除不需要的 RNA，工作流程如下：

第一步：使用在線的 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool，輸入目標 RNA 序列，獲得定制的探針序列。

第二步：從您信任的供應商處訂購 ssDNA 寡核苷酸探針。

第三步：探針與 NEBNext® 定制 RNA 去除核心試劑一起使用，或與其它 NEBNext® RNA 去除試劑盒聯(lián)合使用。

不同起始量、不同物種的樣本，NEBNext® 定制 RNA 去除試劑盒均能高效去除目標 RNA，富集目的 RNAs。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 針對埃及伊蚊、超嗜熱原始菌和激烈火球菌的 rRNA 設計探針。使用 RNA 去除核心試劑盒和設計的探針從 1 µg、100 ng 和 10 ng 總 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文庫制備試劑盒制備文庫，并進行 Illumina 雙端測序（2 x 75 bp）。從每個文庫中抽取（seqtk）2000 萬個 Reads。使用 Mirabait（6 個或更多，25-mers）鑒定 rRNA，殘留的 rRNA 水平是通過將匹配上的 Reads 數(shù)除以質(zhì)控過濾后的總 Reads 數(shù)計算得出。數(shù)據(jù)代表 3 次重復的平均值。結(jié)果表明：不同起始量（1 µg – 10 ng）、不同物種的樣本，NEBNext® 定制 RNA 去除方法均能高效去除目標 RNA。

使用 NEBNext® 定制 RNA 去除試劑盒去除目標 RNA，不會影響目的轉(zhuǎn)錄本的豐度。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 針對埃及伊蚊的 rRNA 設計探針。埃及伊蚊成蟲（Benzon Research）。使用 Monarch® 總 RNA 小量提取試劑盒（NEB #T2010S）從埃及伊蚊成蟲（Benzon Research）中提取總 RNA。使用 RNA 去除核心試劑盒和設計的探針從 100 ng 和 10 ng 總 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文庫制備試劑盒制備文庫，并進行 Illumina 雙端測序（2 x 75 bp）。從去除后的文庫中抽取（seqtk）2000 萬個 Reads，從未去除的文庫中抽取 2 億個 Reads。使用 Salmon 和來自 Vectorbase（AaegL5.2 assembly）的轉(zhuǎn)錄本計算轉(zhuǎn)錄本的豐度。圖中顯示了線性擬合的 Read 計數(shù)和 R² 值。圖 A 表明：去除不影響目的轉(zhuǎn)錄本的豐度。圖 B 表明：不同起始量在多次重復實驗中轉(zhuǎn)錄本豐度保持一致。

組合探針能有效去除人 rRNA 和線粒體 mRNA。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 針對人線粒體 mRNA 設計探針。設計的探針與 NEBNext® rRNA 去除試劑盒 v2（人/小鼠/大鼠）的探針組合使用。使用組合探針從 1 µg 人通用參考總 RNA（Agilent®）中去除線粒體 RNA 和 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文庫制備試劑盒制備文庫，并進行 Illumina 雙端測序（2 x 75 bp）。從每個文庫中抽取（seqtk）2000 萬個 Reads。圖（A）使用 Mirabait（6 個或更多，25-mers）鑒定 rRNA 和線粒體 RNA，殘留的 rRNA 和 mtRNA 水平是通過將匹配上的 Reads 數(shù)除以質(zhì)控過濾后的總 Reads 數(shù)計算得出。rRNA 和線粒體 RNA 都被有效地去除。圖 B 中 IGV 圖顯示了人類線粒體基因上的覆蓋度。

實驗流程：