生物除臭設備在進行惡臭處理時分為三個階段：
1、廢氣中有毒、有害、惡臭污染物與水接觸，溶于水中車能夠為液相中的分子或離子。這一過程是物理過程，遵循亨利定律:Pi+=HXi。
2、中溶液中的惡臭成分被微生物吸附、吸收，惡臭成分從水中轉移至微生物體內。
3、進入微生物細胞中的有機物在各種細胞內酶的催化作用下，微生物對其進行氧化分解，同時進行合成代謝產生新的微生物細胞。一部分有機物通過氧化分解終轉化為H2O,CO2等穩定的無機物。
首先惡臭氣體經過管道收集后進入生物過濾除臭裝置，氣流與循環液在穿過生物填料層的過程中完成生物的氣液擴散、液固擴散、生物氧化三個過程，生物填料表面生物膜中的微生物以惡臭氣體物質為營養，惡臭物及VOCs被微生物氧化分解，在轉化過程中產生能量，為微生物的生長與繁殖提供能源，使惡臭氣體物質的轉化持續進行，經凈化后的氣體由引風機引出排放。循環液中含有脫落的生物膜和微生物，經過濾、補充新鮮洗滌液后循環使用，過濾去掉多余的少量生物膜作為污泥定期排放。
