處理原則
1)全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。
2)減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道。
3)就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。
4)分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。市醫院病區醫療污水處理設施
當地的自然和社會條件
當地的地形、氣候等自然條件也對廢水處理流程的選擇具有一定影響。如當地氣候寒冷，則應采用在采取適當的技術措施后，在低溫季節也能夠正常運行，并保證取得達標水質的工藝。當地的社會條件如原材料、水資源與電力供應等也是流程選擇應當考慮的因素之一。市醫院病區醫療污水處理設施
廢水水質
生活污水水質通常比較穩定，一般的處理方法包括酸化、好氧生物處理、消毒等。而工業廢水應根據具體的水質情況進行工藝流程的合理選擇。特別需要指出的是，對于采用好氧生物處理工藝處理廢水來說，要注意廢水的可生化性，通常要求COD/BOD5>0.3，如不能滿足要求，可考慮進行厭氧生物水解酸化，以提高廢水的可生化性，或是考慮采用非生物處理的物理或化學方法等。
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