1、農村污水處理的工程量大
農村基礎設施建設虧欠，因此很多農村污水處理工程項目不僅要建設室外水設施（包括污水收集管道和污水處理設施），還可能會延伸到室內的衛生間改造;
2、農村污水處理工程的單位建設成本高
以村落為主要集聚形式的農村，其人口規模與居住密度都遠低于城市。除土地成本以外，在相同出水水質要求下，污水處理設施的單位建設成本和普遍高于城市。農村污水處理工程在很多情況下是對現村莊的改造，涉及對現道路和綠化等設施的破壞與恢復，從而使農村污水處理工程的單位造價大幅提升。總體而言，按人均或戶均投入計算，農村污水處理的成本要高于城市污水處理的成本。
3、農村污水治理組織實施成本高
農村污水處理在管理功能上涉及基礎設施、衛生健康、環境保護、水利與水源、農村與農業等多個方面，然而目前管理體制并未將污水處理系統的多個環節和多種功能按照不同部門的管理職能進行機結合，農村污水處理同時存在條塊分割、組織不力、監管缺位等現象。此外，農村污水處理具農村工作的一般性征，與城市相比，農村情況復雜，農村居民的整體素質和基層干部的管理水平不及城市，使得農村污水處理組織實施的難于城市。因此，農村污水處理組織實施成本高于城市污水處理。
4、農村污水處理資金能力低
經費短缺一直是制約農村生活污水處理的難題。約60個建制村，其中很多村缺乏必要的設施，迫切需要資金。由于沒科學的集資機制和渠道，民間資金難以投入，單純依靠財政預算，對于地方財政困難的別是西部欠發達地區，難度大。
5、農村污水處理工藝、技術不夠成熟
農村污水治理工作起步較晚，對于污水治理的意識還是相對薄弱，同時也缺乏在農村污水處理技術方面的深入研究。人提出借用外的經驗，盡管外已經形成了一套的、成熟的污水治理體系，但是并不完適用于我農村現狀。污水處理技術不一定是有效的，只符合我農村現狀的低耗的污水處理技術才是好的。探索率、低投入、低，適用于分散農村污水處理的技術仍是我農村污水治理的重要方向。
6、農村污水處理缺乏規劃指導
在目前的農村污水處理實踐中，存在以下幾種突出的規劃問題，即過度依賴集中處理，忽視分散污水處理技術的;集中污水處理系統布局不，存在城鄉分割、行政區劃分割的現象;在農村分散污水處理中套用城市的規劃技術，導致不恰當的污水處理規模和處理深度;對污水處理過程理解片面，管網建設和后期運維跟不上水規模，導致多數污水“建而不用”。
7、農村污水處理缺乏技術指導
在實踐中存在兩大誤區:
① 成本與技術誤區。污水處理屬于基礎設施建設范疇，建成后的設施應能夠正常，且使用壽命應保持在二、三十年以上。如因資金不足和急于求成導致效建設，則是較大的浪費;相反，則是盲高投入，照搬城市污水收集處理的方式與技術模板，或試圖以昂貴的設備投資和動力消耗來減少精細化管理的需求。
② “因地制宜”誤區。農村污水處理過分強調并片面理解“因地制宜”，技術五花八門，導致、工程建設和管理均形不成規模效應，不利于降低投資與。盡管目前農村污水分散處理工藝、設備材料、管理等方面均不存在難以克服的技術難點，但一些常見的成熟工藝技術仍難以發揮應的效果，這與、施工及控制不嚴相當大的關系，從而大地挫傷了投資分散污水處理的積性，同時也制約了行業的健康發展。
8、農村污水處理設施管理不完善
大中型城鎮污水處理的管理人員應具備相應的技能，且人員數量應滿足污水處理的需要。但是，農村生活污水處理設施管理主體較多，既鄉鎮或流域水務站，也村委會，權責不對等容易造成推諉扯皮、管理失效等現象。農村生活污水處理設施的管理人員多以當地村民為主，缺乏相關知識以及設備操作管理的相關技能，僅能負責設備的日常看護工作，難以勝任水平的系統維護，導致污水處理效果波動以及出水水質不達標等問題。
