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目前, 國內外還未見報道有成熟的工藝和方法能將PCR實驗室污水綜合處理到達標排放的標準。PCR實驗室污水的治理不能等同于工業污水處理,而是采用多單元處理流程系統或是有針對性地進行分類處理, 盡可能地降低處理難度, 使處理費用較低, 操作比較簡單。PCR實驗室有機廢水處理方法可以借鑒其它有機廢水的處理。一般來說有機廢水處理技術主要包括法和物化法。對有機物濃度高、毒性強、水質水量不穩定的實驗室廢水, 法處理效果不佳, 而物化法對此類廢水的處理表現出明顯的優勢。實驗、對實驗室廢棄物進行分類處理及回收循環再利用, 不僅能減小對環境的污染, 而且能減少化學藥品的浪費。對高濃度實驗室有機廢水, 將其中的有機溶劑如醇類、酯類、有機酸、酮及醚等回收循環使用后, 再用化學方法處理; 對濃度高、毒性大且無法回收的有機廢水, 需要進行集中焚燒處理。