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超純水儀系統軟件中有兩種清洗程序.程序:1(7小時)這是在大多數情況下運用的主要清洗程序。使用這程序可以從下午下班前開始并利用晚上休息時間進行清洗。使用程序1的時候,在啟動后21分鐘后關閉出水閥，此后系統會自動運行直至第二天早上。程序2:(8小時)此程序有一個較長的浸泡過程，適用于當超濾柱的流量下降或柱已污染時。此程序必須從早晨開始。使用程序2時，必須在程序啟動后71分鐘關閉出水閥。此后，系統會自動運行。
超純水儀清洗操作步驟如下：
開始清洗時必須準備~30升的進水。
（1）按操作/待機“OPERATE/STANDBY”鍵2秒鐘,使系統處于待機，“STANDBY”狀態。把MILLIPAK40/20從出水槍上取下將過渡接頭擰在出水口上。
（2）將12mm外徑的管子接在過渡接頭上，管子的另一端通下水道或水槽。將取水槍扳手扳下，待出水口無水流出(卸壓)，再將扳手扳上。
（3）取下清洗口的蓋子，把它放在附近，把3克NaOH(A.R.分析純)(代替消毒氯片ZWCL01F50)放入清洗口。將清洗口的“S”形蓋子旋回原處，確保沒有滲漏。
（4）按控制面板清洗“CLEANING”鍵2秒鐘。(若要選擇程序2，再按一次清洗鍵)等待10秒鐘后選擇被確認，顯示屏會顯示“SAN.CYCLE1”將取水槍扳手扳下，系統就開始進入清洗程序。
（5）350分鐘后將扳手扳回到朝上的位置注:若出水閥未關，系統不會計時清洗時間.
5.清洗結束后，系統自動回到預操作（PREOPERATE）狀態去掉12mm管子和過渡接頭，裝好MILLIPAK40/20.超純水系統又可以正常使用了。
