定量PCR儀其PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統得出量化的實時結果輸出。把這PCR儀叫做實時熒光定量PCR儀(qPCR儀)。熒光定量PCR儀有單通道，雙通道，和多通道。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記的目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。該儀器主要用于醫學臨床檢測，生物醫藥研發，食品行業，科研院校等機構。
(1)接通電源開關，PCR儀進入準備狀態;在顯示屏上記錄了當前PCR儀的溫度和蓋子(Lid)的溫度。若PCR儀正在運行時，須按“ B ”鍵(start/stop)，才能退出運行并返回準備狀態。
(2)編寫程序段。在準備狀態下按“ C ”鍵(programs)進入編程狀態，選定一程序號，然后按“enter”鍵，進入下一程序;按 “A”(list)鍵后，選一文件號(empty program);再按“enter”鍵，進入下一程序;按“ABC”鍵，進入下一程序，用上下左右鍵號選擇一個字母(A、B、C、D、…)，然后按“enter”鍵，進入下一程序;按“name ok”鍵，完成文件命名。
(3)設定蓋子的溫度。“lid temp： ℃”，蓋子的溫度一般比變性溫度要高10℃，例如變性溫度是95℃，那么蓋子的溫度就要設定為105℃。待蓋子預熱后按“enter”鍵，進入下一程序。
(4)設定變性溫度、變性時間、延伸溫度、延伸時間、退火溫度、退火時間及循環總數等參數。從*步依次按“enter”鍵進入，用四個移位鍵移動設定位置。先設定溫度，后設定時間，全部參數設置完后，按“pgm ok”鍵，所設定的程序自動被保存。
(5)運行程序。檢查設定是否正確， 按“start”鍵，選擇設定好的程序，開始運行。顯示屏上可觀察到系統運行的情況，按“Stop”可停止運行。
