在土壤生物中，除了些養分，水分外，檢測我們可選用土壤養分測試儀、多點土壤溫濕度記錄儀等，除此之外，微生物的種類和數量都是zui多的，微生物用肉眼看不見，要用顯微鏡才能看的見。土壤中的微生物數量是很多的，大約一克土中就有幾千萬個到幾億個，據計量，在肥沃的菜園土里，微生物的重量約合每畝800~1,000斤。微生物的繁殖速度是很快的，環境條件適宜時，每半個小時左右就繁殖一代。微生物的代謝強度大，比人的代謝強度大幾千倍、幾萬倍、甚至幾十萬倍。土壤中有如此眾多的微生物，它對植物養分的轉化、吸收以及腐植質的形成、累積都有著密切的關系。
土壤微生物的種類及其形態
微生物包括病毒、細菌、放線菌、真菌（霉菌和酵母菌）。它們是生物界中zui低級的原始種類，其形態構造都十分簡單。
1.病毒：病毒是一類沒有細胞結構的zui低級zui微小的微生物，直徑在0.2微米（μ）以下（1μ＝0.001 mm），普通的光學顯微鏡是看不到的，只有在電子顯微鏡下才能看到它們。病毒顆粒是由具有生命活力的核蛋白質所組成，它們不能獨立生活，只能寄生在活著的動、植物和微生物體內進行新陳代謝、生長發育和繁殖。寄生在微生物細胞體內的病毒，叫做噬菌體。
2.細菌：細菌是一種比病毒大數十倍或數百倍的單細胞的微生物，一般的細茵大小在數個微米左右。它們除少數是寄生外，絕大多數是獨立生活的。細菌有一定的細胞結構，有明顯的細胞膜，但無明顯的細胞核。所以它們還是比較低級的種類。
細菌的基本形態有球形、桿形、弧形（或螺旋形），按它們的形態，分別叫做球菌、桿菌、弧菌（或螺旋菌）（參看下圖1）。球菌直徑0.5~2微米，桿菌和弧菌一般長1~5微米，寬0.5~1.0微米。
細菌大多數是單獨存在的，但也有些兩兩成對，有些桿菌具有運動的鞭毛，可以自由運動。細菌是以分裂的方式來繁殖的，每次繁殖時，一個分為兩個，兩個又分為四個，如此繼續分裂，一般每20分鐘左右就分裂一次，所以細菌的繁殖的速度和數量都是十分驚人的。
土壤中的細菌大部分都是異養型的，就是靠分解有機物質來獲得能量和養分以進行生活和繁殖。因此，除水分、空氣、溫度和pH等條件以外，土壤有機質的組成和數量對于細菌在土壤中的分布有重要影響。自然界中幾乎所有的有機質部可以被細苗分解。
3.放線菌：放線菌是細長的有分技的絲狀體，菌絲的粗細和細菌相似，直徑一般不超過0.5~1.2微米。放線菌的菌絲里沒有橫隔，因此，它也是單細胞的，菌絲體可以看作是由一個細胞延長而成的。放線菌的細胞也沒有細胞核和細胞質的明顯分化，所以，它也是比較低級的種類。但是放線菌已經有了菌絲的構造，所以它又比細菌進化了一步（下圖2）。
放線菌在土壤中，—般酸性土壤中較少，多存在于干燥的秸稈和土壤中，耐旱能力比細菌大。放線菌對分解纖維素和含氮有機化合物以及轉化各種鹽類的能力也很大，并且大多數的放線菌還能產生一些抗菌素和激素物質，這些物質或者可以增強植物的抗病性，或者有促進植物生育的作用。
4.真菌：微生物中比較的種類是酵母菌和霉菌，人們又把它們叫做真菌。在真菌中，除個別種類是單細胞的以外，大多數是多細胞的，能進行無性和有性繁殖。（下圖3所示）
真菌在土壤中，特別是在通氣良好的酸性土壤中，是有機質轉化的主力，能夠利用和分解木素、單寧等復雜的有機物質。真菌一般是需氧的，以腐生或寄生的生活方式生活，在表土zui為活沃。但應注意在植物的病原菌中有許多是真菌，這些真菌在土壤中往往使植物受病害，影響農業生產。
5.藻類和原生動物：土壤中還生活著藻類和一些原生動物。土壤藻類主要有藍藻中的念珠藻、顫藻，綠藻中的衣藻、小球藻以及裸藻、硅藻等。它們的主要特點是具有葉綠素，可以進行光合作用，能自營生活和積累有機質。它們多生活于多水的表土，往往使表土呈綠色。在藍藻中有一些種類能夠固氮，藻類繁殖起來還能使土壤中增加碳水化合物而使非共生固氮菌活動起來，從而增加土壤中的氮素養科。土壤中原生動物zui多的是鞭毛蟲，它有1~2根鞭毛能運動，多數發育于含有大量有機質的水中。此外，還有變形蟲和纖毛蟲等。它們可以蠶食一部分細菌，但大多數是利用有機物質并吸收土壤中的無機鹽而參與有機質的轉化過程。
