在線離子色譜儀其中色譜柱是色譜儀的核心部件。色譜柱主要有兩類：填充柱和毛細管柱（開管柱）。柱材料包括金屬、玻璃、融熔石英、聚四氟等。色譜柱的分離效果除與柱長、柱徑和柱形有關外，還與所選用的固定相和柱填料的制備技術以及操作條件等許多因素有關。

在線離子色譜儀將層析柱接入氣路，檢查氣路是否漏氣，熟悉高壓氣瓶的用法；開總壓閥－>調節減壓閥（使壓力為2×10Pa）－>調節穩壓閥﹑針形閥，使載氣流速達到所需要求。

打開檢定器溫壓開關，開動記錄儀放大部件（對氫火焰離子化檢定器是啟動直流放大器）。調節檢定器，使基線穩定，定好零點，即可開始進樣分析。

5. 樣品為液體時，可直接用微量注射器由進樣口注入，若樣品為氣體時，即可用氣體六通閥或直接用注射器進樣。

用氫作載氣時，一般填充柱之載氣流速為5～10厘米/秒的線性速度。適當的流速，有利于提高分辨率。通常采用與樣品平均沸點相等或高出10度的柱溫為宜。但是，在氣液色譜中，流動相以恒溫進入色譜柱時，將使相似化合物早餾出峰互相重疊，晚餾出峰寬度增加。若改為單階高效液相色譜該方法是吸收了普通液相層析和氣相色譜的優點，經過適當改進發展起來的。它既有普通液相層析的功能（可在常溫下分離制備水溶性的物質），又有氣相色譜的特點（即高壓，高速，高分辨率和高靈敏度）；它不僅適應于很多不易揮發，難熱分解物質的定性和定量分析，而且也適用于上述物質的制備和分離。