洗滌在ELISA試驗過程中雖不是一個反應步驟，但卻也決定著實驗的成敗。ELSIA試驗就是靠洗滌來達到分離游離的和結合的酶標記物的目的。通過洗滌以清除殘留在板孔中沒能與固相抗原或抗體結合的物質，以及在反應過程中非特異性地吸附于固相載體的干擾物質。聚苯乙烯等塑料對蛋白質的吸附是普遍性的，而在洗滌時又應把這種非特異性吸附的干擾物質洗滌下來。可以說在ELISA試驗操作中，洗滌是最主要的關鍵技術。

洗滌的方式除某些ELISA試驗儀器配有特殊的自動洗滌儀外，手工操作有浸泡式和流水沖洗式兩種，過程如下：

1.浸泡式
①吸干或甩干孔內反應液；
②用洗滌液過洗一遍；
③浸泡，即將洗滌液注滿板孔，放置1～2分鐘，間歇搖動，浸泡時間不可隨意縮短；
④吸干孔內液體，吸干應*，可用水泵或真空泵抽吸，也可甩去液體后在清潔毛巾上拍干；
⑤重復操作③和④，洗滌3～4次。在間接法中如本底較高，可增加洗滌次數或延長浸泡時間。

2.流水沖洗式
流水沖洗法最初用于小珠載體的洗滌，洗滌液僅為蒸餾水甚至可用自來水。洗滌時附接一特殊裝置，使小珠在流水沖擊下不斷地滾動淋洗，持續沖洗2分鐘后，吸干液體，再用蒸餾水浸泡2分鐘，吸干即可。浸泡式猶如盆浴，流水沖洗式則好比淋浴，其洗滌效果更為*，且也簡便、快速。已有實驗表明，流水沖洗式同樣也適用于微量滴定板的洗滌。洗滌時設法加大水流量或加大水壓，讓水流沖擊板孔表面，洗滌效果更佳。