選擇性地去除氮氣以外的其他分子，包括氧氣、水份等。分離過程中還有哪些分子未被除去呢？首先是氬氣，但由于是惰性氣體，不會對LC-MS的靈敏度、離子源污染或爆炸造成任何風險。所以，將其歸入氮氣含量中是*沒有問題的。但其他的像碳氫化合物、硅氧烷類、鄰苯二甲酸酯類、灰塵、溶劑、清潔用化學品（例如地板清潔材料等）等都會污染離子源，并出現(xiàn)在質譜圖上。實際上，氮氣發(fā)生器產(chǎn)生氮氣的質量還取決于周邊的空氣質量。如今的環(huán)境污染日益增多，諸如汽車尾氣、電站以及化工廠排放、化學制品、食品生產(chǎn)加工、日常工作中使用的溶劑、VOC（想想買新車或家具以及粉刷我們的辦公室或公寓時的味道，我們將花費大量的時間和精力來去除這些氣味，這些氣味通常是VOC釋放的）等都將出現(xiàn)在環(huán)境空氣中。因此，一個好的氮氣發(fā)生器需要一個完善的去除雜質的過程。
空氣分離是購買氮氣發(fā)生器的替代方案。在空氣分離設備中，可以將空氣分離為其基本成分。壓縮和過濾天然空氣，以去除任何雜質。壓縮空氣被加熱和冷卻，直到不同的元素達到沸點，然后分離出來。然后這些元素返回到氣態(tài)，此時它們就可以使用了。與氮氣發(fā)生器一樣，空氣分離設備也得益于使用氧氣分析儀來觀察氧氣含量。
氮氣發(fā)生器的工作原理是分離空氣，電解膜的負極側發(fā)生氧化反應，吃掉空氣中的氧化性氣體，在正極側還原，空氣流過電解池后就只剩下氮氣和惰性氣體，故國內(nèi)發(fā)生器的純度大多標有“相對含氧量”，氮氣的純度和空氣流速，有效分解面的長度，電解電勢的強弱都有關系，這種分離方法也決定了氮氣的純度不可能做的很高。加入電解質的作用就是提高水的導電率，使電化學反應能順利進行。
發(fā)生器對色譜的影響有一點常常被忽略，就是發(fā)生器內(nèi)的開關電源工作事會對電網(wǎng)電壓造成一定的干擾(壓縮機的啟動和停止也會)，所以色譜儀必須經(jīng)過穩(wěn)壓電源供電，當然不用穩(wěn)壓電源的用戶極少。
對色譜來說，氮氣發(fā)生器產(chǎn)生了氮氣后，還需要脫水、脫氧(加脫水脫氧管)，否則會損害ECD檢測器。
對質譜來說，國內(nèi)的氮氣發(fā)生器都無法達到很高的流量，所以，現(xiàn)在很多人都還使用液氮罐，來支持液質聯(lián)用需要的氮氣流量。
值得提醒的一點是：氮氣發(fā)生器只能在實驗室內(nèi)或實驗室外很近的位置采集空氣作為氣源，而實驗室內(nèi)空氣經(jīng)常是受到污染的，其中的有機溶劑含量因為實驗前處理過程等原因(此外GC的洗針溶劑揮發(fā)，液相的流動相揮發(fā))不可避免的超標。
